Dies ist eine HTML Version eines Anhanges der Informationsfreiheitsanfrage 'Infectious Diseases'.


 
 
 
 
 
 
 
TESSy - The European 
 
Surveillance System 
 
 
 
 
 
 
 
Antimicrobial resistance (AMR)  
 
reporting protocol 2019 
European Antimicrobial Resistance Surveillance Network  
(EARS-Net) surveillance data for 2018 
 
 
 
 
 
February 2019 
 


 
 

link to page 5 link to page 5 link to page 5 link to page 6 link to page 6 link to page 6 link to page 6 link to page 7 link to page 7 link to page 7 link to page 8 link to page 9 link to page 10 link to page 10 link to page 10 link to page 10 link to page 10 link to page 20 link to page 24 link to page 24 link to page 25 link to page 25 link to page 25 link to page 25 link to page 29 link to page 30 link to page 30 link to page 31 link to page 32 link to page 35 link to page 36 link to page 37 link to page 38 link to page 39 link to page 40 link to page 41 link to page 42 Contents 
How to use this document ..................................................................................................... 2 
Finding further information.................................................................................................... 2 
Copyright ............................................................................................................................. 2 

Reporting to TESSy .................................................................................................... 3 
Checking the data collection schedule .................................................................................... 3 
Preparing data ...................................................................................................................... 3 
Checking metadata ............................................................................................................... 3 
Checking your data source profile .......................................................................................... 4 
Submitting your data ............................................................................................................ 4 
Finalising your submission ..................................................................................................... 4 
TESSy HelpDesk ................................................................................................................... 5 
Changes to current AMR metadata .............................................................................. 6 
Annex 1 AMR metadata .............................................................................................. 7 
AMR metadata set ................................................................................................................ 7 
Overview of EARS-Net AMR surveillance metadata ............................................................. 7 
Current record type versions ............................................................................................. 7 
Isolate-based reporting .................................................................................................... 7 
Coverage and representativeness ................................................................................... 17 
AMR metadata change history ............................................................................................. 21 
Previous metadata changes ............................................................................................ 21 
Annex 2 AMR-specific material................................................................................... 22 
Contacts ............................................................................................................................ 22 
Microbiological guidelines for EARS-Net ................................................................................ 22 
Implementation of AMR case definitions for TESSy ............................................................... 22 
Objectives for AMR surveillance ........................................................................................... 26 
Preparing national AMR datasets ......................................................................................... 27 
Checking for duplicate records ........................................................................................ 27 
Data management and analysis ...................................................................................... 28 
Data analysis and presentation ....................................................................................... 29 
Isolate forms ...................................................................................................................... 32 
Isolate Record Form Streptococcus pneumoniae .............................................................. 33 
Isolate Record Form Staphylococcus aureus .................................................................... 34 
Isolate Record Form Escherichia coli ............................................................................... 35 
Isolate Record Form Klebsiella pneumoniae ..................................................................... 36 
Isolate Record Form Pseudomonas aeruginosa ................................................................ 37 
Isolate Record Form   □ Enterococcus faecium        □ Enterococcus faecalis ...................... 38 
Isolate Record Form Acinetobacter spp. .......................................................................... 39 
 

link to page 25 link to page 6 link to page 10 link to page 25
AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Introduction  
This reporting protocol is for the 2019 data call for antimicrobial resistance (AMR) surveillance data 
collected by the European Antimicrobial Resistance Surveillance Network (EARS-Net) for 2018. 
The Reporting Protocols are data collection guidelines for reporting countries’ data managers, and the 
new Reporting Protocol design is intended to improve user-friendliness by:  
  Introducing a uniform structure to make it easier for data managers to find data collection 
information across different subjects. 
  Removing information not relevant to data managers. 
The Reporting Protocols are supplemented by the Technical Annex, which contains updated generic 
information for each data collection. 
Likewise, the Surveillance Protocol will contain some of the generic information previously contained in 
the Reporting Protocols. 
Because reporting countries’ data managers sometimes play multiple roles, it is sometimes relevant to 
distribute subject-specific material together with a Reporting Protocol. To maintain the uniform 
structure, this sort of material is now included in Annex 2. 
How to use this document 
This Reporting Protocol provides information for reporting countries’ data managers in three main 
sections: 
  Reporting to TESSy – contains guidelines on how to prepare data for submission to TESSy, 
deadlines, subject-specific information (e.g. new changes to metadata), and links to further 
information. 
  Annex 1 – contains: 
o  The metadata set for the subject(s) covered by this Reporting Protocol. 
o  A history of metadata changes for the subject(s) covered by this Reporting Protocol. 
  Annex 2 – contains subject-specific material relevant for distribution with the Reporting 
Protocol. 
Finding further information  
 Paragraphs denoted by the information icon tell where you can find further information. 
Updated links to all the schedules, documentation and training materials mentioned in this Reporting 
Protocol are included in the Technical Annex, including links to: 
  Metadata sets and history. 
  Tutorials for data transformation using respectively Excel and Access. 
  TESSy user documentation. 
  CSV and XML transport protocols. 
Copyright 
© European Centre for Disease Prevention and Control, 2019. Reproduction is authorised, provided the 
source is acknowledged. 
 
 
 
Page 2 of 39 

link to page 6 link to page 6 link to page 6 link to page 7 link to page 7 link to page 7 link to page 10 link to page 25 link to page 9 link to page 10

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Reporting to TESSy  
This section provides both an overview of the TESSy reporting process and tips on where you can find 
useful information. 
The overall process is: 
1.  Familiarise yourself with the data collection deadlines. 
2.  Prepare (export and transform) your data. 
3.  Check that your data complies with the metadata. 
4.  Check that your data source profile is up-to-date. 
5.  Submit your file(s) to TESSy. 
6.  Finalise and approve your submission. 
Checking the data collection schedule 
 An updated link to the current data collections schedule is provided in the Technical Annex. 
Preparing data 
After you have exported the data from your national database, you need to ensure that the data are in 
a format that TESSy can accept. This applies both to the type of file submitted to TESSy (only CSV and 
XML files can be submitted) and to the format of the data in certain fields. 
 Tutorials covering how you can transform your data to the correct TESSy format using Excel or 
Access are available on the TESSy documents website. Information on the file formats is available in 
the CSV Transport Protocol and XML Transport Protocol. 
AMR-specific guidelines for data collection and preparation for TESSy are provided in Annex 1 and 
Annex 2.  
Checking metadata 
The TESSy metadata define the fields and data formats that are valid as input to TESSy for a given 
subject. 
As requirements to the data to be shared among TESSy users change, the data changes needed to 
support the new requirements are identified and agreed upon between the National Surveillance 
Contact Points, the Network Coordination Groups and ECDC’s Disease Experts, and then implemented 
as changes to the TESSy metadata. 
In order to ensure that your data can be saved correctly in TESSy, you therefore need to check that 
your data are correctly formatted according to the most recent metadata set. 
Changes to the metadata for the subject of this Reporting Protocol are described in: 
  Changes to current metadata – changes since the last Reporting Protocol. 
  Annex 1  – preceding changes. 
It is especially important to focus on: 
 
Field formats 
Many fields require that data are formatted in a specific way. For example, dates must be in the 
YYYY-MM-DD format; dates in the DD/MM/YYYY format will be rejected. 
 
Coded values  
Some fields only permit the use of specific values (coded values). For example, MFUNK, or 
Other are the coded values for Gender and any other value in a Gender field will be rejected. 
 
 
Page 3 of 39 







AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
A single metadata set file contains all the definitions and rules you need to comply with to format your 
data correctly for every subject (usually a disease). The file can be downloaded as an Excel file from 
the TESSy documents website. 
By filtering the fields in the file by subject, you can see the fields required for your subject and the 
rules applying to these fields. 
 The Technical Annex provides an overview of how you work with the metadata file, and the TESSy 
user documentation provides in-depth details on metadata. 
Checking your data source profile 
Before submitting your file(s), please review the profile for your data source(s) in TESSy (go to Data 
Sources
), and update the information, if necessary.  
 
Complete and up-to-date data source information for each subject is important for improving 
interpretation of data - each surveillance system has different features that need to be taken into 
account when comparing data at an international level. 
If your data source information is out-of-date and you do not have access rights to update it, please 
request your National Focal Point for Surveillance or National Coordinator to do so. 
 In-depth information on the data source variables is available in the TESSy user documentation. 
Submitting your data 
Data is submitted through the TESSy web interface (go to Upload). 
 
 The Technical Annex provides an overview of how you submit files to TESSy, and the TESSy user 
documentation provides in-depth descriptions of all the upload methods. 
Finalising your submission 
The compliance of your data with the validation rules in the metadata is checked automatically during 
the data upload process. 
The result of your upload – i.e. rejected or validated – is displayed immediately after the conclusion of 
the check in the Validation details webpage. Please review the result carefully: 
  If your file has been rejected, there will be a message explaining each instance of non-
compliance with the metadata that you need to correct. 
  If your file has been validated, there might be warnings and remarks relating to possible data 
quality issues or to potential overwriting of existing records that you should consider. 
When you file has been validated and you are satisfied that all corrections have been made, please 
ensure prompt approval – unapproved uploads can block for the approval of other uploads.  
 The TESSy user documentation provides information on reviewing validation results and adjusting 
reporting periods to avoid overwriting existing records. 
 
 
 
Page 4 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
TESSy HelpDesk 
Email:  xxxxx@xxxx.xxxxxx.xx 
Telephone number:  +46-(0)8-5860 1601 
 
Availability: 9:00 – 16:00 Stockholm time, Monday to Friday (except ECDC 
 
  Holidays) 
 
 
 
Page 5 of 39 

link to page 10
AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Changes to current AMR metadata 
No changes to AMRTEST metadata have been made since 2014. 
AMRDENOM metadata was discontinued in 2018 and replaced by AMRCOVER. 
Previous metadata changes to AMRTEST and AMRCOVER are described in Annex 1. 
 Information on changes to the metadata for other subjects is available on the TESSy documentation 
website. 
 
 
Page 6 of 39 

link to page 10 link to page 24 link to page 10 link to page 10 link to page 20 link to page 10 link to page 10 link to page 20 link to page 10 link to page 11 link to page 12 link to page 17 AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Annex 1 AMR metadata  
This section describes: 
  The AMR metadata set 
  Changes to the AMR metadata 
AMR metadata set 
The AMR metadata is described in two sections: 
  Overview of EARS-Net AMR surveillance metadata  
  Isolate-based reporting 
  Coverage and representativeness 
Overview of EARS-Net AMR surveillance metadata 
The metadata set for isolate based AMR reporting (RecordType AMRTEST) consists of 8 technical 
variables and 29 epidemiological variables, which are further classified as variables at the 
patient/isolate level and variables at the AMR test level. The first level includes data referring to the 
isolate which are repeated in all records reporting the antimicrobial susceptibility tests performed for 
that isolate (See the following table).   
The variables used for reporting coverage and representativeness (RecordType AMRCOVER
according to aggregated format include: RecordType; RecordTypeVersion; Subject; DataSource; 
ReportingCountry; DateUsedForStatistics; SameMicrSampleCov ; PathogenCov; PropPopulationLabCov; 
PopulationReprCov; NumBedsHospCov; NumPatDaysHospCov; HospitalReprCov; 
NumCultureSetsHospCov; NumPatDaysForRateCov; IsolateReprCov.   
The variables of AMRTEST and AMRCOVER RecordTypes are described in more detail, including the 
validation rules, in Isolate-based reporting on page 7 and Coverage and representativeness on page 17 
Current record type versions 
Table 1 shows the record type versions to be used when reporting 2017 AMR surveillance data to 
TESSy. 
Table 1: AMR record version types for 2017 data 
Record type 
Record type version 
AMRCOVER 
AMRCOVER.1 
AMRTEST 
AMRTEST.2 
 
Isolate-based reporting  
The following set of variables applies for isolate-based reporting of AMR. The dataset is sub-divided into 
a common set of system related variables (technical variables) and epidemiological variables. The 
epidemiologic variables can be classified in two levels: isolate information and susceptibility test 
information. The first level includes data referring to the specific isolate, which are repeated for each 
antimicrobial agent for which the susceptibility of that isolate has been tested.   
The variables are described in the following tables: 
  Table 2: Technical VariablesTable 3: Epidemiological variables at isolate level 
  Table 4: Epidemiological variables at AMR test level 
Variables #1,2,4,5,6,7,9,10,11,18,25,26 are technically mandatory; TESSy will not accept the data 
submission unless these fields have been completed.   
However, if you enter data that does not meet the requested combination of “Pathogen”, “Specimen” 
and “Antibiotic”, the record is ignored but the batch is NOT rejected. By ignored, TESSy does not insert 
 
 
Page 7 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
the data for this record into the database. The ignored records are kept as original data but are not 
available for analysis or report. 
Table 2: Technical Variables 
VariableName 
1 – RecordID 
Description 
Unique anonymised identifier for each record within and across the 
national surveillance system and subject – MS selected and generated. 
Recommended format: "[ReportingCountry][LaboratoryCode] 
[Patient Counter][Pathogen]  
[Specimen][Antibiotic][DateUsedForStatistics]" 
Required (what happens if not 
Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
String (Max length: 80) 
Corresponding variable in the 
 (new variable) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
2 - RecordType  
Description 
Structure and format of the data. 
Required (what happens if not 
Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
Code 
AMRTEST 
Corresponding variable in the 
 (new variable) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
3 – RecordTypeVersion 
Description 
There may be more than one version of a recordType. This element 
indicates which version the sender uses when generating the message. 
Required when no metadata set is provided at upload. 
Required  
No 
Data type 
Numeric 
Code 
See Metadata 
Corresponding variable in the 
 (new variable) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
4 - Subject  
Description 
Subject of the data to report. 
Required (what happens if not 
Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
Code 
AMR 
Corresponding variable in the 
 (new variable) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
5 - DataSource 
Description 
The data source (surveillance system) that the record originates from. 
 
 
Page 8 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Required (what happens if not 
Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
Code 
 See Metadata 
Corresponding variable in the 
 (new variable) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
6 - ReportingCountry 
Description 
The country reporting the record. 
Required (what happens if not 
Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
Code 
 See Metadata 
Corresponding variable in the 
 (new variable) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
7 - DateUsedForStatistics 
Description 
The reference date used for standard reports that is compared to the 
reporting period. Recommended: Date when sample was taken. 
Required (what happens if not 
Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Date 
Code 
Exact date only, “YYYY-MM-DD” 
Corresponding variable in the 
Date of sample collection (new format) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
8 - Status 
Description 
Status of reporting NEW/UPDATE or DELETE (inactivate). Default if left 
out: NEW/UPDATE. If set to DELETE, the record with the given recordId 
will be deleted from the TESSy database (or better stated, invalidated). If 
set to NEW/UPDATE or left empty, the record is newly entered into the 
database. 
Required  
No 
Data type 
Coded Value 
Code 
NEW/UPDATE OR DELETE 
Corresponding variable in the 
 (new variable) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
Table 3: Epidemiological variables at isolate level 
VariableName 
9 - LaboratoryCode  
Description 
Laboratory code unique for each laboratory within the country.  
Required (what happens if not 
Yes (Error)  
submitted) 
Data type 
Coded Value 
 
 
Page 9 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Code 
See Metadata 
If a country has a need for additional codes in the list, they must contact 
TESSy Helpdesk to get the code added. Recommended format: 
[ReportingCountry]-[code of three characters]  
Corresponding variable in the 
Laboratory code 
previous EARSS Dataset  
 
VariableName 
10 - Specimen 
Description 
Isolate source 
The source of the isolate (i.e. blood) 
Required  
Yes (Ignore): data entry is required. However, if you enter data that does 
not  meet  the  requested  combination  of  “Pathogen”,  “Specimen”  and 
“Antibiotic”, the record is ignored but the batch is NOT rejected. By ignored, 
we  mean  that  TESSy  does  not  insert  the  data  for  this  record  into  the 
database. The ignored records are kept as original data but are not available 
for analysis or report. 
Data type 
Coded Value 
Code 
BLOOD = blood 
CSF = Cerebrospinal fluid 
Corresponding variable in the 
Isolate source (new codes) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
11 - PatientCounter 
Description 
Numeric Code for each patient, unique within lab. 
Anonymous code by lab to specify patient. 
Required (what happens if not 
Yes (Error)  
submitted) 
Data type 
Numeric 
Code 
Require that the labs anonymize the PatientCounter.  
Corresponding variable in the 
Patient ID / Code (it must be anonymous. It was a string now it is a 
previous EARSS Dataset 
number.) 
(notes) 
 
VariableName 
12 - Gender 
Description 
Gender 
Required (what happens if not 
Yes (Warning) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
Code 
M = Male 
F = Female 
O = Other 
UNK = Unknown 
Corresponding variable in the 
Sex (new codes) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
13 - Age  
Description 
Age of the patient when the sample was taken. 
Required (what happens if not 
Yes (Warning) 
submitted) 
Data type 
Numeric 
Code 
Integer 
 
 
Page 10 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Corresponding variable in the 
 (new variable) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
14 - IsolateId 
Description 
Isolate ID; Code for each isolate, unique within lab and year 
Text code assigned by lab to specify isolate 
Required (what happens if not 
Yes (Warning) 
submitted) 
Data type 
Text  
Corresponding variable in the 
Isolate sample number 
previous EARSS Dataset  
 
VariableName 
15 - HospitalId 
Description 
Unique identifier for the hospital within each laboratory.  
Required (what happens if not 
Yes (Warning) 
submitted) 
Data type 
Text 
Code 
Unique identifier for the hospital within each laboratory. Recommended 
format: [LaboratoryCode]-[letter assigned to a hospital – starting from A, 
B, C, etc.] 
Corresponding variable in the 
Hospital code (new recommended format) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
16 - PatientType 
Description 
Origin of patient. Is the patient at the moment the sample is taken 
admitted in a hospital (inpatient), or not (outpatient). Patients that go to 
the hospital for Dialysis, other Day Hospital Care and to Emergency room 
should be classified as “O” for the field “PatientType”. All other patient 
that are admitted in the hospital as inpatients should be classified as 
“INPAT”. 
Required (what happens if not 
Yes (Warning) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
Code 
INPAT= Admitted (Inpatient)  
OUTPAT= Outpatient 
O =Other (e.g. emergency room)  
UNK=Unknown 
Corresponding variable in the 
Origin of patient (new codes) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
17 - HospitalUnitType 
Description 
Hospital department (at time of sample collection) 
Required (what happens if not 
Yes (Warning) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
 
 
Page 11 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Code 
INTMED =Internal Medicine  
PEDS =Paediatrics/neonatal 
PEDSICU=Paediatrics/neonatal ICU  
SURG =Surgery 
ONCOL=Haematology/Oncology  
OBGYN=Obstetrics/Gynaecology 
ICU=Intensive Care Unit 
ED=Emergency Department 
URO=Urology Ward 
INFECT=Infectious Disease Ward 
O =Other  
UNK=Unknown 
Corresponding variable in the 
Hospital department (new codes) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
18 - Pathogen 
Description 
Pathogen  
Species and genus of the pathogen which has been isolated from the 
sample.   
Required (what happens if not 
Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
Code 
STRPNE=Streptococcus pneumoniae 
STAAUR=Staphylococcus aureus 
ENCFAE=Enterococcus faecalis 
ENCFAI=Enterococcus faecium 
ESCCOL=Escherichia coli 
KLEPNE=Klebsiella pneumoniae 
PSEAER=Pseudomonas aeruginosa                            
ACISPP=Acinetobacter spp. 
Corresponding variable in the 
Pathogen code (new codes) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
19 - DateOfHospitalisation  
Description 
Date of admission in hospital 
Required  
No 
Data type 
Date 
Code 
Exact date only, “YYYY-MM-DD” 
Corresponding variable in the 
Date of admission (new format) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
20 - ResultPCRmec 
Description 
Detection of PCR mecA-gene 
Required  
No 
Data type 
Coded Value 
Code 
POS=positive 
NEG=negative 
UNK=unknown  
Corresponding variable in the 
PCR mec-gene (new codes) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
 
Page 12 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Validation rule 
To be reported only if Pathogen=STAAUR. 
 
VariableName 
21 - ResultPbp2aAggl 
Description 
Detection of  PBP2a-agglutination 
Required  
No 
Data type 
Coded Value 
Code 
POS=positive;  
NEG=negative;  
UNK=unknown  
Corresponding variable in the 
PBP2a-agglutination (new codes) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
Validation rule 
To be reported only if Pathogen=STAAUR. 
 
VariableName 
22 - Serotype 
Description 
Serotype/group of the pathogen isolated from the sample.   
Reference: Danish Kauffman-Lund scheme from the WHO Collaborating 
Centre for Reference and Research on Pneumococci at the Danish Serum 
Institute. 
Required  
No 
Data type 
Coded Value 
Code 
See Metadata 
Corresponding variable in the 
Serotype 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
Validation rule 
 To be reported only if Pathogen=STRPNE. 
 
VariableName 
23 - ESBL 
Description 
Detection of ESBL 
Required  
No 
Data type 
Coded Value 
Code 
POS=positive 
NEG=negative 
UNK=unknown  
Corresponding variable in the 
ESBL present (new codes) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
Validation rule 
To be reported only if Pathogen= ESCCOL or KLEPNE. 
 
VariableName 
24 - ResultCarbapenemases 
Description 
Detection  of  Carbapenemases.  This  refers  to phenotypic  test  for 
carbapenemase activity (e.g. the Modified Hodge Test - MHT). 
Required  
No 
Data type 
Coded Value 
Code 
POS=positive 
NEG=negative 
UNK=unknown  
Corresponding variable in the 
(new variable) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
 
Page 13 of 39 

link to page 25 AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Validation rule 
To be reported only if Pathogen= ESCCOL or KLEPNE or PSEAER or ACISPP 
Table 4: Epidemiological variables at AMR test level 
VariableName 
25 - Antibiotic 
Description 
Antimicrobial code 
Required  
Yes (Ignore): data entry is required. However, if you enter data that does 
not meet the requested combination of “Pathogen”, “Specimen” and 
“Antibiotic”, the record is ignored but the batch is NOT rejected. By 
ignored, we mean that TESSy does not insert the data for this record into 
the database. The ignored records are kept as original data but are not 
available for analysis or report. 
Data type 
Coded Value,  
Code 
See Implementation of AMR case definitions for TESSy where a list of all 
antimicrobial agent codes are provided 
 
Corresponding variable in the 
Antibiotic code 
previous EARSS Dataset  
 
VariableName 
26 - SIR 
Description 
Final interpretation result of all different susceptibility tests performed 
Required (what happens if not 
Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
Code 
S=susceptible; 
I=intermediate; 
R=resistant 
Corresponding variable in the 
S/I/R 
previous EARSS Dataset  
 
VariableName 
27 - ResultZoneSign 
Description 
Zone (> < =)  
This field can indicate if a value of the zone diameter of the disk test is 
“less than" (<); “equal to or less than” (< =); "equal to" (=); “equal to or 
greater than” (>=); or "greater than" (>) the value indicated in the 
following field. 
Required  
No 
Data type 
Coded Value 
Code 
<  
<= 

>= 
>  
Corresponding variable in the 
Zone (> < =) (new codes) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
28 - ResultZoneValue 
Description 
Zone (Value in mm)  
Required  
No 
Data type 
Numeric 
Code 
Integer 
 
 
Page 14 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Corresponding variable in the 
Zone (Value in mm) (only Zone diameter in millimetres;  
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
29 - ResultZoneSIR 
Description 
Interpretation of the zone test. 
Required  
No 
Data type 
Coded Value 
Code 
S=susceptible; 
I=intermediate; 
R=resistant 
Corresponding variable in the 
 (new variable) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
30 - ResultMICSign 
Description 
MIC (> < =)  
This field can indicate if a value of the zone diameter of the MIC test is 
“less than" (<); “equal to or less than” (< =); "equal to" (=); “equal to or 
greater than” (>=); or "greater than" (>) the value indicated in the 
following field. 
Required  
No 
Data type 
Coded Value 
Code 
<  
<= 

>= 
>  
Corresponding variable in the 
MIC (> < =) (new codes) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
31 - ResultMICValue 
Description 
MIC (Value in mg/l)  
Required  
No 
Data type 
Text 
Code 
If <1 then float, if >=1 then integer 
Corresponding variable in the 
MIC (Value in mg/l) (only MIC values in mg/l; in the EARSS Dataset it also 
previous EARSS Dataset 
could contain the S/I/R results) 
(notes) 
 
VariableName 
32 - ResultMICSIR 
Description 
Interpretation of the MIC test. 
Required  
No 
Data type 
Coded Value 
Code 
S=susceptible; 
I=intermediate; 
R=resistant 
Corresponding variable in the 
 (new variable) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
 
Page 15 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
 
VariableName 
33 - ResultEtestSign 
Description 
Gradient strip (> < =)  
This field can indicate if a value of the zone diameter of the gradient strip 
is “less than" (<); “equal to or less than” (< =); "equal to" (=); “equal to or 
greater than” (>=); or "greater than" (>) the value indicated in the 
following field. 
Required  
No 
Data type 
Coded Value 
Code 
<  
<= 

>= 
>  
Corresponding variable in the 
E-test (> < =) (new codes) 
previous EARSS Dataset 
(notes) 
 
VariableName 
34 - ResultEtestValue  
Description 
Gradient strip value (Value in mg/l)  
Required  
No 
Data type 
Text 
Code 
If <1 then float, if >=1 then integer. The value 1.5 is also allowed. 
Corresponding variable in the 
E-test (Value in mg/l) (only E-test values in mg/l; in the EARSS Dataset it 
previous EARSS Dataset 
also could contain the S/I/R results) 
(notes) 
 
VariableName 
35 - ResultEtestSIR 
Description 
Interpretation of the gradient strip test. 
Required  
No 
Data type 
Coded Value 
Code 
S=susceptible; 
I=intermediate; 
R=resistant 
Corresponding variable in the 
 (new variable) 
previous EARSS Dataset 
(notes)  
 
VariableName 
36 - DiskLoad 
Description 
Disk content (only if Zone)  
This field can be used to mention the load of the antimicrobial disk used. 
Please mention the value and the Units (e.g. mcg, Units or IU). 
Required  
No 
Data type 
Text 
Code 
Value and units: i.e. UI, mcg. 
Corresponding variable in the 
Disk load 
previous EARSS Dataset  
 
VariableName 
37 - ReferenceGuidelinesSIR  
 
 
Page 16 of 39 

link to page 20 link to page 21 AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Description 
To differentiate use of CSLI and EUCAST guidelines for determining clinical 
breakpoint for antimicrobial susceptibility of the isolate 
Required  
No 
Data type 
Coded value 
Code 
EUCAST = European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing 
CLSI = Clinical and Laboratory Standards Institute 
NAT = National 
O = Other 
Corresponding variable in the 
New variable 2012 
previous EARSS Dataset  
 
Coverage and representativeness 
The  following  set  of  variables  applies  for  country  aggregate  reporting  of  coverage  and 
representativeness  of  laboratories  participating  in  EARS-Net.  The  dataset  is  sub-divided  into  a 
common  set  of  system  related  variables  (technical  variables)  and  epidemiological  variables.  The 
epidemiological  variables  have  to  be  provided  at  microorganism  level  if  coverages  and 
representativeness differ by species. Otherwise, if coverages and representativeness are the same 
for all species, one AMRCOVER record per DataSource and year is expected. 
 
The variables are described in the following tables: 
  Table 5: Technical variables 
  Table 6: Epidemiological variables 
 
 
Variables #1,3,4,5,6,7,8, 9,10,13,16 are technically mandatory; TESSy will not accept the data 
submission unless these fields have been completed. 
 
Table 5: Technical variables  
VariableName 
1 - RecordType 
Description 
Structure and format of the data. 
Required (what happens if not  Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
Code 
AMRCOVER 
 
VariableName 
2 - RecordTypeVersion 
Description 
There may be more than one version of a recordType. This element 
indicates which version the sender uses when generating the message. 
Required when no metadata set is provided at upload. 
Required 
No 
Data type 
Numeric 
Code 
See Metadaset  
 
VariableName 
3 - Subject 
Description 
Subject of data to report. 
 
 
Page 17 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Required (what happens if not  Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
Code 
AMRCOVER 
 
VariableName 
4 - DataSource 
Description 
The data source (surveillance system) that the record originates from. 
Required (what happens if not  Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
Code 
See Metadaset 
 
VariableName 
5 - ReportingCountry 
Description 
The country reporting the record. 
Required (what happens if not  Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
Code 
See Metadata 
 
VariableName 
6 - DateUsedForStatistics 
Description 
The reference year for which the data are valid. 
Required (what happens if not  Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Date 
Code 
"YYYY" 
Table 6: Epidemiological variables 
VariableName 
7 - SameMicrSampleCov  
Description 
Estimated coverages and representativeness are the same for all 
microorganism species under surveillance.  
If coverages and representativeness are the same for all microorganism 
species, one AMRCOVER record per DataSource and year is expected (the 
code "PATAMR" should be used for the variable "PathogenCov"). If 
coverages and representativeness differ by species, eight AMRCOVER 
records per DataSource and year are expected (all codes other than 
"PATAMR" should be used for the variable "PathogenCov"). 
Required (what happens if not  Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
Code 
Y = Yes 
N = No 
 
 
Page 18 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
 
VariableName 
8 - PathogenCov 
Description 
Pathogen.  
The code "PATAMR" should be used if coverage is the same for all 
pathogens. The other eight codes are specific for each microorganism 
under surveillance. 
Required 
Yes (Error) 
Data type 
Coded Value 
Code 
PATAMR= All EARS-Net pathogens (to be used if coverage is the same for 
all pathogens)                                                                                                                                                                 
ACISPP = Acinetobacter species 
ENCFAE = Enterococcus faecalis 
ENCFAI = Enterococcus faecium 
ESCCOL = Escherichia coli 
KLEPNE = Klebsiella pneumoniae 
PSEAER = Pseudomonas aeruginosa 
STAAUR = Staphylococcus aureus 
STRPNE = Streptococcus pneumoniae 
 
VariableName 
9 - PropPopulationLabCov 
Description 
Best available estimate for the proportion of the national population 
covered by the laboratories reporting to EARS-Net in the specific year. Use 
'.' as decimal delimiter, e.g. 0.32. 
Required (what happens if not  Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Text 
Code 
Float 
 
 
VariableName 
10 - PopulationReprCov 
Description 
Population sample representativeness. 
Required (what happens if not  Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
Code 
HIGH = all main geographical regions are covered and data are considered 
representative of the national epidemiology;                                                                                                                                                                                                            
MEDIUM = most geographical regions are covered and data are 
considered of medium representativity of the national epidemiology;                                                                                                                                                                                  
POOR = only a few geographical areas are covered and data are poorly 
representative of the national epidemiology. 
 
 
VariableName 
11 - NumBedsHospCov 
Description 
Total number of beds of hospitals served by laboratories reporting to 
EARS-Net. 
Required (what happens if not  No 
submitted) 
Data type 
Numeric 
 
 
Page 19 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Code 
Integer 
 
 
VariableName 
12 - NumPatDaysHospCov 
Description 
Total number of patient-days of hospitals served by laboratories reporting 
to EARS-Net. 
Required (what happens if not  Yes (Warning) 
submitted) 
Data type 
Numeric 
Code 
Integer 
 
 
VariableName 
13 - HospitalReprCov 
Description 
Hospital sample representativeness. 
Required (what happens if not  Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
Code 
HIGH = the hospital sample is representative of the acute care hospital 
distribution in the country;                                                                                                                                         
MEDIUM = the hospital sample is partly representative of the acute care 
hospital distribution in the country;                                                                                                                                                                                                                                         
POOR = the hospital sample is poorly representative of the acute care 
hospital distribution in the country. 
 
VariableName 
14 - NumCultureSetsHospCov 
Description 
Total number of blood culture sets performed in hospitals served by 
laboratories reporting to EARS-Net. The provided data should be suitable 
for calculating the blood culture rate in the specific year: number of sets 
refers to the hospital sample for which the aggregated denominator 
(NumPatDaysForRateCov) is provided. 
Required (what happens if not  Yes (Warning) 
submitted) 
Data type 
Numeric 
Code 
Integer 
 
VariableName 
15 - NumPatDaysForRateCov 
Description 
Total number of patient-days of hospitals served by laboratories which 
provided the Number of blood culture sets performed. This number can 
be equal to "NumPatDaysHospCov " or lower if only part of the 
laboratories provided the number of blood sets performed. 
Required (what happens if not  Yes (Warning) 
submitted) 
Data type 
Numeric 
Code 
Integer 
 
 
 
Page 20 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
VariableName 
16 - IsolateReprCov 
Description 
Isolate sample representativeness. 
Required (what happens if not  Yes (Error) 
submitted) 
Data type 
Coded Value 
Code 
HIGH = the isolate sample is representative of microorganisms causing 
invasive infections and of patient casemix of the included hospitals;                                                                                                                                                             
MEDIUM = the isolate sample is partly representative of microorganisms 
causing invasive infections and of patient casemix of the included 
hospitals;                                                                                                                                           
POOR = the isolate sample is poorly representative of microorganisms 
causing invasive infections and of patient case-mix of the included 
hospitals. 
 
 
 
AMR metadata change history 
Metadata changes prior to 2014 can be found on the TESSy documents website. 
Previous metadata changes 
Table 7: Summary of implemented changes in case-based record types for Antimicrobial Resistance 
(AMR)  

Year 
Subject 
Description 
2018 
AMRDENOM 
The metadata subject was discontinued. 
2019 
AMRCOVER 
The new metadata subject was introduced in place of AMRDENOM. 
2015-
AMRTEST 
No changes to AMR metadata. 
2019 
2014 

AMRTEST 
Addition of new codes to coded value list for antibiotics. 
 
AMRTEST 
Update of validation rules associated to these new antibiotics. 
 
All 
Update NUTS codes according to the NUTS Codes 2010 classification from EUROSTAT 
 
 
Page 21 of 39 

link to page 8 AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Annex 2 AMR-specific material  
Contacts 
Questions  regarding  coding,  upload  of  data  etc.  should  be  directed  to  the  TESSy  helpdesk  at 
xxxxx@xxxx.xxxxxx.xx 
Questions regarding the AMR reporting and content will be dealt with by the ECDC EARS-Net contact: 
E-mail: xxxxxxxx@xxxx.xxxxxx.xx 
Questions regarding the use of WHONET to prepare data for TESSy upload can be directed to ECDC 
contractor John Stelling: 
E-mail xxxxxxxxx@xxxxxx.xxx (keep xxxxxxxx@xxxx.xxxxxx.xx in Cc) 
Microbiological guidelines for EARS-Net  
EARS-Net encourages the use of The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing 
(EUCAST) guidelines and breakpoints to determine clinical antimicrobial susceptibility (available at 
http://www.eucast.org/). In 2012, the EUCAST steering committee established a subcommittee for 
detection of resistance mechanisms and specific resistances of clinical and/or epidemiological 
importance. The sub-committee was established partly in response to frequently asked questions from 
users of EUCAST guidelines on this issue, and partly on request from the ECDC, as expert microbiology 
guidance was needed for EARS-Net participants. 
The remit of the subcommittee was to develop practical guidelines for detection of specific antimicrobial 
resistance mechanisms of clinical and/or epidemiological importance. The document was developed  by  
conducting  systematic  literature  searches,  and  most recommendations  are  based  on  multi-centre  
studies,  as  these  provide  the  best measure of robustness of the methods. Prior to publication of 
these guidelines, they were subjected to wide consultation through the EUCAST consultation contact 
lists, the EUCAST website and ECDC focal point contacts. An updated version of the result of this work 
can be found in the EUCAST guidelines for detection of resistance mechanisms and specific resistances 
of clinical and/or epidemiological importance1. This document replaces the previous EARSS 
microbiology manual. 
The guideline describes the definition of the mechanisms of resistances, an outline description of 
recommended methods of detection, and references to detailed descriptions of the methods for: 
1.  Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae 
2.  Extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing Enterobacteriaceae 
3.  Acquired AmpC β-lactamase-producing Enterobacteriaceae 
4.  Meticillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) 
5.  Glycopeptide non-susceptible Staphylococcus aureus 
6.  Vancomycin resistant enterococci 
7.  Penicillin non-susceptible Streptococcus pneumoniae 
Implementation of AMR case definitions for TESSy 
Given the typology of data for AMR surveillance, which refers to laboratory isolates rather than to cases 
of disease, the following case definition has been implemented in the RecordType “AMRTEST”, for 
reporting to TESSy: 
The bacterial species under surveillance are:  
                                                
1. EUCAST. 2017. EUCAST guidelines for detection of resistance mechanisms and specific resistances of clinical 
and/or epidemiological importance. Version 2.0 of July 2017 Available at 
http://www.eucast.org/fileadmin/src/media/PDFs/EUCAST_files/Resistance_mechanisms/EUCAST_detection_of_res
istance_mechanisms_170711.pdf 
 
 
Page 22 of 39 

link to page 19 link to page 26 link to page 26 link to page 31 AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
  Streptococcus pneumoniae (STRPNE) 
  Staphylococcus aureus (STAAUR) 
  Enterococcus faecalis (ENCFAE)  
  Enterococcus faecium (ENCFAI)  
  Escherichia coli  (ESCCOL) 
  Klebsiella pneumoniae (KLEPNE) 
  Pseudomonas aeruginosa (PSEAER)  
  Acinetobacter species (ACISPP). 
All isolates from blood (STRPNE, STAAUR, ENCFAE, ENCFAI, ESCCOL, KLEPNE, PSEAER, ACISPP) 
and/or cerebrospinal fluid (STRPNE, ESCCOL, KLEPNE, PSEAER, ACISPP), for which a susceptibility test 
has been performed, have to be included.  
The generic case definition of antibiotic resistance defined in the Commission implementing decision 
laying down case definitions for reporting communicable diseases to the Community network.1Although 
EARS-Net encourages the use of EUCAST clinical breakpoints in line with the EU case definitions, 
countries and laboratories using other guidelines are still welcome to report data if the use of clinical 
guidelines is specified under Variable 37 (ReferenceGuidelinesSIR). Reporting of quantitative 
susceptibility data is strongly encouraged. 
Duplicates from the same patients should be eliminated taking only the first by date of sample 
collection and isolate source. Table 8 lists all microorganism/source and antibiotic agent combinations 
under surveillance by EARS-Net.  
If records referring to additional combinations are uploaded, they will be filtered out by the system - 
see TESSy Filter 1. 
Table 8: Microorganism, specimen source and antimicrobial agent combinations under surveillance by 
EARS-Net 

Microorganism 
Specimen source 
Antimicrobial agent 
 

Streptococcus pneumoniae (STRPNE) 
blood (BLOOD);  
Azithromycin (AZM) 
cerebrospinal fluid (CSF) 
Cefotaxime (CTX) 
Ceftriaxone (CRO) 
Clarithromycin (CLR) 
Erythromycin (ERY) 
Levofloxacin (LVX) 
Moxifloxacin (MFX) 
Norfloxacin (NOR) 
Oxacillin (OXA) 
Penicillin (PEN) 
Staphylococcus aureus (STAAUR) 
blood (BLOOD) 
Cefoxitin (FOX) 
Cloxacillin (CLO) 
Ciprofloxacin (CIP)  
Daptomycin (DAP) 
Dicloxacillin (DIC) 
Flucloxacillin (FLC) 
Levofloxacin (LVX) 
Linezolid (LNZ) 
Meticillin (MET) 
Norfloxacin (NOR) 
Ofloxacin (OFX) 
Oxacillin (OXA) 
Rifampin (RIF) 
Vancomycin (VAN) 
Enterococcus faecalis (ENCFAE) 
blood (BLOOD) 
Ampicillin (AMP) 
Amoxicillin (AMX) 
                                                
1. Commission Implementing Decision on the communicable diseases and related special health issues 
to be covered by epidemiological surveillance – Annex 1  (replacing Commission Decision No 
2000/96/EC). Available at : https://eur-lex.europa.eu/legal-
content/EN/TXT/PDF/?uri=CELEX:32018D0945&from=EN#page=72
 
 
 
Page 23 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Gentamicin-High (GEH) 
Linezolid (LNZ) 
Teicoplanin (TEC) 
Vancomycin (VAN) 
Enterococcus faecium  (ENCFAI) 
blood (BLOOD) 
Ampicillin (AMP) 
Amoxicillin (AMX) 
Gentamicin-High (GEH) 
Linezolid (LNZ) 
Teicoplanin (TEC) 
Vancomycin (VAN) 
Escherichia coli  (ESCCOL) 
blood (BLOOD);  
Amikacin (AMK) 
cerebrospinal fluid (CSF) 
Amoxicillin-clavulanic acid (AMC) 
Ampicillin (AMP) 
Amoxicillin (AMX) 
Cefepime (FEP) 
Cefotaxime (CTX) 
Ceftazidime (CAZ) 
Ceftriaxone (CRO) 
Ciprofloxacin (CIP) 
Colistin (COL) 
Ertapenem (ETP) 
Gentamicin (GEN) 
Imipenem (IPM) 
Levofloxacin (LVX) 
Meropenem (MEM) 
Moxifloxacin (MFX)  
Netilmicin (NET) 
Norfloxacin (NOR) 
Ofloxacin (OFX) 
Piperacillin-tazobactam  (TZP) 
Polymyxin B (POL) 
Tigecycline (TCG) 
Tobramycin (TOB) 
Klebsiella pneumoniae  (KLEPNE) 
blood (BLOOD);  
Amikacin (AMK) 
cerebrospinal fluid (CSF) 
Amoxicillin-clavulanic acid (AMC) 
Cefepime (FEP) 
Cefotaxime (CTX) 
Ceftazidime (CAZ) 
Ceftriaxone (CRO) 
Ciprofloxacin (CIP) 
Colistin (COL) 
Ertapenem (ETP) 
Gentamicin (GEN) 
Imipenem (IPM) 
Levofloxacin (LVX) 
Meropenem (MEM) 
Moxifloxacin (MFX)  
Netilmicin (NET) 
Norfloxacin (NOR) 
Ofloxacin (OFX) 
Piperacillin-tazobactam  (TZP) 
Polymyxin B (POL) 
Tigecycline (TCG) 
Tobramycin (TOB) 
Pseudomonas aeruginosa  (PSEAER) 
blood (BLOOD);  
Amikacin (AMK) 
 
cerebrospinal fluid (CSF) 
Cefepime (FEP) 
 
 
Ceftazidime (CAZ) 
 
 
Ciprofloxacin (CIP)  
 
 
Colistin (COL) 
 
 
Gentamicin (GEN) 
 
 
Imipenem (IPM) 
 
 
Levofloxacin (LVX) 
 
 
Meropenem (MEM) 
 
 
Netilmicin (NET) 
 
Piperacillin (PIP) 
Piperacillin/Tazobactam (TZP) 
Polymyxin B (POL) 
 
 
Page 24 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Tobramycin (TOB) 
Acinetobacter species (ACISPP) 
blood (BLOOD);  
Amikacin (AMK) 
cerebrospinal fluid (CSF) 
Ciprofloxacin (CIP) 
Colistin (COL) 
Gentamicin (GEN) 
Imipenem (IPM) 
Levofloxacin (LVX) 
Meropenem (MEM) 
Netilmicin (NET) 
Polymyxin B (POL) 
Tobramycin (TOB) 
 
 
 
 
 
 
Page 25 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Objectives for AMR surveillance 
Surveillance of AMR within the European Union (EU) has been assured by European law: AMR is listed 
as a special health issue in the Commission Implementing Decision (EU) 2018/945 of 22 June 2018 on 
the communicable diseases and related special health issues to be covered by epidemiological 
surveillance.1 
EARS-Net is based on a network of representatives from the Member States collecting routine clinical 
antimicrobial susceptibility data from national AMR surveillance initiatives. Scientific guidance and 
support to the network is provided by the EARS-Net Coordination Committee. This group is composed 
of individual experts selected from among the nominated disease-specific contact points and experts 
from other organisations that are involved in surveillance of antimicrobial resistance.  
The objective of EARS-Net is to collect, analyse and report data on AMR, across EU/EEA Member States 
and as defined in the EARS-Net protocol, to enable action to address AMR. 
 
 
                                                
1 Decision No 1082/2013/EU of the European Parliament and of the Council of 22 October 2013 on serious cross-
border threats to health and repealing Decision No 2119/98/EC. 
http://eur-lex.europa.eu/LexUriServ/LexUriServ.do?uri=OJ:L:2013:293:0001:0015:EN:PDF 
 
 
Page 26 of 39 

link to page 35 AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Preparing national AMR datasets  
The data collection at laboratory level can be performed both electronically and manually by filling out 
the corresponding Isolate Records Forms per pathogen (see Isolate forms). If the data collection at 
laboratory level has been performed manually by filling the Isolate Records, the Country Data Manager 
should create the fields “Age” and “PatientCounter” starting from the available information in the paper 
forms (“Year of birth” and “Patient ID / Code”). 
The data collection for EARS-Net is supported by WHONET (Microbiology Laboratory Database 
Software) which is a useful tool for processing and analysis of antimicrobial resistance data. It provides 
a routine procedure to perform data entry and to export data in EARS-Net exchange format and can be 
used locally by participating laboratories and centrally by country data managers. The software and 
manual can be downloaded from http://www.whonet.org/  
If a new laboratory joins the surveillance network the country disease specific contact points must 
communicate the new code of the new laboratory to the Helpdesk at xxxxx@xxxx.xxxxxx.xx by e-mail 
before uploading data; otherwise the system will not recognise the new code and will reject the entire 
file. 
Checking for duplicate records 
Before uploading a file to TESSy, the country data manager has to revise the laboratory data and check 
for duplicates (records with the same RecordId). If there are duplicates, TESSy will reject the upload. 
Duplicates should be eliminated by merging/selecting records.  
Recommendations for merging and selecting records: 
  In the TESSy metadata set the recommended format of the RecordId is the combination of the 
following fields: ReportingCountry; LaboratoryCode; PatientCounter; Pathogen; Specimen; 
Antibiotic; DateUsedForStatistics.  
  Identify multiple isolates within the same day (using the field IsolateId when available) and 
select the first one per day (DateUsedForStatistics).  
  If there are still duplicates, further merging/selection of records should be done according to 
the recommended method summarized in the following examples 1, 2 and 3.  
Example 1 – Duplicates:  same microorganism/antimicrobial agent combination but 
different microbiological tests 
Pathogen  Antibiotic  SIR 
ResultZoneSIR 
ResultMICValue  ResultMICSIR 
ESCCOL 
CTX 


 
 
ESCCOL 
CTX 

 
0.5 

  The two records above refer to the same patient and the same microorganism/antimicrobial 
agent combination from the same source (blood) in the same day.  
  According to the metadata set specifications, they are considered as duplicates and will 
generate an error in the uploading process to TESSy with the subsequent rejection of the 
entire batch of records.  
  To avoid this unsuccessful outcome, it is possible to merge the reported data in one row.  
  For the final interpretation of the susceptibility test (SIR), the MIC result will prevail.   
Pathogen  Antibiotic  SIR 
ResultZoneSIR 
ResultMICValue  ResultMICSIR 
ESCCOL 
CTX 


0.5 

Example 2 – Duplicates: same microorganism/antimicrobial agent combination, same 
test, different SIR results 
Pathogen 
Antibiotic 
SIR 
ResultZoneSIR 
ResultMICValue 
ResultMICSIR 
ESCCOL 
CTX 




ESCCOL 
CTX 


0.5 

 
 
Page 27 of 39 

link to page 25 AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Select the first in this order R→I→S (therefore the most resistant is selected). This is a rare occurrence 
and this rule is implemented to have a standard algorithm for filtering the duplicates.  
Example 3 – Duplicates: same microorganism/antimicrobial agent combination, same 
test, same SIR results 
Pathogen 
Antibiotic 
SIR 
ResultZoneSIR 
ResultMICValue 
ResultMICSIR 
ESCCOL 
CTX 


0.5 

ESCCOL 
CTX 


0.5 

If the records have the same SIR result (true duplicates) just select one of them, taking into account 
the completeness of the other variables. 
Data management and analysis 
TESSy filter 1 (case definition) and validation report 
TESSy filters the uploaded records according to the list of Microorganism/Specimen/Antimicrobial agent 
combinations included in the AMR surveillance (the EARS-Net case definition for TESSy is described in 
more detail in Implementation of AMR case definitions for TESSy). Records referring to additional 
Microorganism/Specimen/Antimicrobial agent combinations are discharged.  
Shortly after the data uploading, TESSy provides a validation report which should be assessed by the 
country user. The report shows summary statistics of the validated data from the uploaded batch.  
TESSy filter 2 (preparing dataset for analysis) 
This filter aims to obtain one record per patient/microorganism/specimen/antimicrobial agent 
combination and year. 
 
STEP 1 
Select all records that belong to 
Fields to identify the date: 
the first date within the 
• 
DateUsedForStatistics  
considered YEAR for each 
Fields to identify the patient/microorganism 
patient/microorganism 
combination: 
combination. 
• 
ReportingCountry  
• 
LaboratoryCode  
• 
PatientCounter  
• 
Pathogen 
STEP 2 
If more than one source (BLOOD, 
Field to identify the source
CSF) is reported within the first 
• 
Specimen 
date, select only one giving 
priority to the CSF.  
 
STEP 3 
If the same antimicrobial is 
Field to identify the antimicrobial
reported in more than one record 
• 
Antibiotic 
within the first date, make a 
Fields to identify results coming from the gradient 
selection giving priority to records 
strip test
with results coming from the 
• 
ResultEtestSIR** 
gradient strip test*.  
• 
ResultEtestVALUE** 
STEP 4 
If the same antimicrobial is still 
Fields to identify results coming from other MIC tests
reported in more than one record 
• 
ResultMICSIR* 
within the first date, make a 
• 
ResultMICVALUE* 
selection giving priority to records 
 
with results coming from other 
MIC tests
.  
 
 
Page 28 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
STEP 5 
If the same antimicrobial is still 
Field to identify the final interpretation of the 
reported in more than one record, 
susceptibility test
make a selection according with 
• 
SIR 
the final interpretation of the 
susceptibility test
 (priority 
sequence R→I→S
).  
 
STEP 6 
If the same antimicrobial is still 
reported in more than one record, 
select the first one.  
* In the selection process gradient strip test results should prevail over other MIC results since, in the routine labs activity, the 
latter are likely to have been obtained through automated systems which are general y considered less reliable than gradient strip 
tests. 
** At least one among the two fields is not missing. 
 
The TESSy filter includes two additional steps for meticillin-resistant Staphylococcus aureus (between 
Step 2 and Step 3 of the main algorithm). 
Conditions 
Pathogen=“STAAUR”  
AND 
(Antibiotic=“OXA” OR “MET” OR “FLC” OR “DIC” OR “CLO” OR “FOX”)   
Additional 
If the same antimicrobial is reported in more 
Field to identify the antimicrobial: 
STEP I 
than one record within the first date, make a 
• 
Antibiotic 
selection giving priority to records with the 
Fields to identify the confirmation test 
confirmation test results.  
results
• 
ResultPCRmec*** 
• 
ResultPbp2aAggl*** 
 
Additional 
If the same antimicrobial is still reported in 
STEP II 
more than one record, make a selection 
according with the confirmation test result 
(priority to records with a positive result).  
***At least one among the two fields is not missing. 
Data analysis and presentation 
For the analysis, an isolate is considered resistant to an antimicrobial agent when tested and 
interpreted as resistant (R) in accordance with the clinical breakpoint criteria used by the local 
laboratory. An isolate is considered non-susceptible to an antimicrobial agent when tested and found 
resistant (R) or with intermediate susceptibility (I) using the same clinical breakpoints as interpretive 
criteria. EARS-Net encourages the use of EUCAST breakpoints, however, results based on other 
interpretive criteria used by the reporting countries are accepted for the analysis.  
As a general rule, data are expressed as a resistance percentage, i.e. the percentage of R isolates out 
of all isolates with antimicrobial susceptibility testing (AST) information on that specific microorganism–
antimicrobial agent combination, and for some bacteria as the percentage of non-susceptible (I+R) 
isolates out of all isolates with the relevant information. For selected analyses, a 95% confidence 
interval is determined for the resistance percentage by applying an exact confidence interval for 
binomial data.  
In most cases, the percentage resistance is calculated considering an antimicrobial group (instead of a 
single antimicrobial agent), which needs other specifications to perform the analysis. The group often 
but not always represent an antimicrobial class. An example of an antimicrobial group is the third-
generation cephalosporins for E. coli. This group contains three antimicrobial agents: ceftriaxone 
(CRO), cefotaxime (CTX) and ceftazidime (CAZ). If two or more antimicrobials (records) are reported 
for the same “microorganism/antimicrobial group” combination, count only one of them; the choice has 
to be done according with the final interpretations of the susceptibility test (field=SIR; priority 
sequence R→I→S). 
 
 
Page 29 of 39 

link to page 34 AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Specific rule for Streptococcus pneumoniae and non-susceptibility to penicillin  
The antimicrobial considered for this resistance are penicillin (PEN) and oxacillin (OXA). If both are 
reported, give priority to penicillin. 
Specific rule to define Meticillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) 
The antimicrobials considered for this resistance are: Oxacillin (OXA), Meticillin (MET), Flucloxacillin 
(FLC), Cloxacillin (CLO), Dicloxacillin (DIC) and Cefoxitin (FOX). Other tests (equivalents) are also 
considered as confirmation tests: PCR mecA or PBP2a detection. 
Hierarchical levels to assess the MRSA 
Priority sequence of the results 
Confirmation test (PCR mecA and PBP2a)  
POS→NEG  
Gradient strip test (SIR result of OXA, MET, FLC, DIC, CLO, FOX)  R→S  
Other MIC tests (SIR result of OXA, MET, FLC, DIC, CLO, FOX) 
R→S 
Other test  (SIR result of OXA, MET, FLC, DIC, CLO, FOX) 
R→S 
The definition of MRSA is based on the following criteria: 
I. 
If at least one between ResultPCRmec and ResultPbp2aAggl is positive then MRSA. 
II. 
If at least one between ResultPCRmec and ResultPbp2aAggl is negative and the other one 
is not positive then MSSA (Meticillin-sensitive Staphylococcus aureus) 
III. 
If both ResultPCRmec and ResultPbp2aAggl are missing then consider SIR to define 
susceptibility (if SIR=S then MSSA; if SIR=I or R then MRSA) 
 
 
 
The full set of microorganism/antimicrobial group combinations that are under regular surveillance by 
EARS-Net (routinely presented in the EARS-Net annual report and the public EARS-Net database) is 
displayed in Table 9. In addition, additional analysis of other single or group of antimicrobial agents will 
be performed on an ad hoc basis.  
If fewer than 10 isolates are reported for a specific organism–antimicrobial agent combination in a 
country, the results for this country are not displayed on the maps presented in the Annual Report and 
the interactive database. 
The statistical significance of temporal trends of antimicrobial resistance percentages by country is 
calculated based on data from the last four years. Countries reporting fewer than 20 isolates per year, 
or not providing data for all years within the considered period, are not included in the analysis. 
Statistical significance of trends is assessed by the Cochran–Armitage test. An additional sensitivity 
analysis is performed by repeating the Cochran–Armitage test only including laboratories which 
consistently reported for the full four-year period in order to exclude selection bias when assessing the 
significance of the trends.  
 
 
 
 
Page 30 of 39 

AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Table 9: Microorganism and antimicrobial group combinations under regular EARS-Net surveillance 
Microorganism 
Antimicrobial group 
Antimicrobial agents 
Escherichia coli  (ESCCOL) 
Aminopenicillins 
AMX, AMP 
Fluoroquinolones 
CIP, OFX, LVX 
Third-generation cephalosporins  
CTX, CRO, CAZ 
Aminoglycosides 
GEN, TOB, NET 
Carbapenems 
IPM, MEM 
Polymyxins 
POL, COL 
Klebsiella pneumoniae  
Fluoroquinolones 
CIP, OFX, LVX 
(KLEPNE) 
Third-generation cephalosporins  
CTX, CRO, CAZ  
Aminoglycosides 
GEN, TOB, NET 
Carbapenems 
IPM, MEM 
Polymyxins 
POL, COL 
Pseudomonas aeruginosa  
Piperacillin+/- tazobactam 
TZP, PIP 
(PSEAER) 
Ceftazidime 
CAZ 
 
Fluoroquinolones 
CIP, LVX 
Aminoglycosides 
GEN, TOB, NET  
Carbapenems 
IPM, MEM 
Amikacin 
AMK 
Polymyxins 
POL, COL 
Acinetobacter  species (ACISPP) 
Fluoroquinolones 
CIP, LVX 
Aminoglycosides 
GEN, TOB, NET  
Carbapenems 
IPM, MEM 
Amikacin 
AMK 
Polymyxins 
POL, COL 
Streptococcus pneumoniae  
Penicillins 
PEN, OXA 
(STRPNE) 
Macrolides 
ERY, CLR, AZM 
Fluoroquinolones 
LVX, NOR, MFX 
Third-generation cephalosporins 
CTX, CRO 
Staphylococcus aureus 
MRSA 
MET, OXA, FOX, FLC, CLO, DIC 
(STAAUR) 
Rifampicin 
RIF 
Fluoroquinolones 
CIP, OFX, LVX, NOR 
Enterococcus faecalis (ENCFAE) 
High-level aminoglycoside resistance 
GEH 
and Enterococcus faecium  
Vancomycin 
VAN 
(ENCFAI) 
Aminopenicillins 
AMX, AMP 
 
 
 
 
 
 
Page 31 of 39 

link to page 36 link to page 37 link to page 38 link to page 39 link to page 40 link to page 41 link to page 42 AMR Reporting Protocol 2019 
 
 
 
 
Isolate forms 
To be filled in by the laboratories without electronic system 
The following isolate forms are included: 
  Isolate Record Form Streptococcus pneumoniae 
  Isolate Record Form Staphylococcus aureus 
  Isolate Record Form Escherichia coli 
  Isolate Record Form Klebsiella pneumoniae 
  Isolate Record Form Pseudomonas aeruginosa 
  Isolate Record Form  □ Enterococcus faecium   □ Enterococcus faecalis 
  Isolate Record Form Acinetobacter spp. 
 
 
 
 
 
 
Page 32 of 39 

 
Isolate Record Form Streptococcus pneumoniae 
Instructions: Please send data of the first blood and/or cerebrospinal fluid isolate of every patient with an invasive S. 
pneumoniae 
infection. Send data on resistant and susceptible isolates; use 1 form per isolate.  
[n] Indicates variable number in reporting protocol 
[9] Laboratory Code  

□ 
[7] Date of sample collection  (yyyy-mm-dd ) 
[14] Isolate Id  
[10] Specimen  
 Blood 
CSF 
□ □

□ 
[11] Patient counter  
[12] Gender  
 Man 
Female 
 Other 
Unknown 
[13] Age (years) 



□ 
[15] Hospital Id 
[16] Patient type 
 Inpatient 
Outpatient 
 Other 
[19] Date of Hospitalisation (yyyy-mm-dd) 
Unknown 
[17] Hospital Department   



□ 


 Internal medicine 
Paediatrics/neonatal 
 Paediatrics/neonatal ICU 
Surgery 
 Haematology/Oncology 
Obstetrics/Gynaecology   

□ 




 Intensive care unit  
Emergency department 
Urology department 
 Infectious disease ward  
 Other   Unknown 
 
Antibiotic susceptibility testing (S/I/R, zone and/or MIC)  
 
[26 ] SIR 
Zone diameter  
 MIC  
Gradient strip results  
[37] Reference 
 
 
  
guidelines  
 
(final 
[28] 
[29] 
[36]  
[31] 
[32] 
[34] 
[35] 
Fill in EUCAST, 
 
interpretation 
Result 
Interpretation 
Result 
Interpretation 
Result 
Interpretation 
CLSI, National, 
result of all 
Disk load 
 
(mm) 
(SIR) 
(mg/l) 
(SIR) 
(mg/l) 
(SIR) 
Other 
different 
(specify 
 
susceptibility  
unit)) 
test performed) 
[25]  
Antibiotic 

Oxacillin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Penicillin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Erythromycin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Clarithromycin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Azithromycin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Cefotaxime 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ceftriaxone 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Norfloxacin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Levofloxacin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Moxifloxacin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
[22] Serotype: 
 
Send this form to (Name/Institute/Contact details): 
 
 
 
 
 
 

 
Isolate Record Form Staphylococcus aureus 
Instructions: Please send data of the first blood and/or cerebrospinal fluid isolate of every patient with an invasive S. 
pneumoniae 
infection. Send data on resistant and susceptible isolates; use 1 form per isolate.  
[n] Indicates variable number in reporting protocol 
[9] Laboratory Code  

□ 
[7] Date of sample collection  (yyyy-mm-dd ) 
[14] Isolate Id  
[10] Specimen  
 Blood 
CSF 
□ □

□ 
[11] Patient counter  
[12] Gender  
 Man 
Female 
 Other 
Unknown 
[13] Age (years) 



□ 
[15] Hospital Id 
[16] Patient type 
 Inpatient 
Outpatient 
 Other 
[19] Date of Hospitalisation (yyyy-mm-dd) 
Unknown 
[17] Hospital Department   



□ 


 Internal medicine 
Paediatrics/neonatal 
 Paediatrics/neonatal ICU 
Surgery 
 Haematology/Oncology 
Obstetrics/Gynaecology   

□ 


□  □
 Intensive care unit  
Emergency department 
Urology department 
 Infectious disease ward  
Other 
 Unknown 
MRSA confirmation tests 



[20] PCR mec 
  Positive  
 Negative   Unknown  



[21] Pbp2a agg lutination 
 Positive     Negative   Unknown 
Antibiotic susceptibility testing (S/I/R, zone and/or MIC)  
 
[26 ] SIR 
Zone diameter  
 MIC  
Gradient strip results  
[37] Reference 
 
 
  
guidelines  
 
(final 
[28] 
[29] 
[36]  
[31] 
[32] 
[34] 
[35] 
Fill in EUCAST, 
 
interpretation 
Result 
Interpretation 
Result 
Interpretation 
Result 
Interpretation 
CLSI, National, 
result of all 
Disk load 
 
(mm) 
(SIR) 
(mg/l) 
(SIR) 
(mg/l) 
(SIR) 
Other 
different 
(specify 
 
susceptibility  
unit)) 
test performed) 
[25]  Antibiotic 
Cefoxitin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Oxacillin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Meticillin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Flucloxacillin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Cloxacillin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Dicloxacillin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ciprofloxacin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ofloxacin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Levofloxacin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Norfloxacin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Rifampicin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Linezolid   
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Vancomycin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Daptomycin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Send this form to (Name/Institute/Contact details): 
 
 
 
 
 

 

 
 
Isolate Record Form Escherichia coli 
Instructions: Please send data of the first blood and/or cerebrospinal fluid isolate of every patient with an invasive S. 
pneumoniae 
infection. Send data on resistant and susceptible isolates; use 1 form per isolate.  
[n] Indicates variable number in reporting protocol 
[9] Laboratory Code  

□ 
[7] Date of sample collection  (yyyy-mm-dd ) 
[14] Isolate Id  
[10] Specimen  
 Blood 
CSF 
□ □

□ 
[11] Patient counter  
[12] Gender  
 Man 
Female 
 Other 
Unknown 
[13] Age (years) 



[15] Hospital Id 
[16] Patient type 
 Inpatient 
Outpatient 
 Other  
[19] Date of Hospitalisation (yyyy-mm-dd) 
□ Unknown 
[17] Hospital Department   



□ 


 Internal medicine 
Paediatrics/neonatal 
 Paediatrics/neonatal ICU 
Surgery 
 Haematology/Oncology 
Obstetrics/Gynaecology   

□ 


□  □
 Intensive care unit  
Emergency department 
Urology department 
 Infectious disease ward  
Other 
 Unknown 
Phenotypic detection of resistance 



[20] ESBL 
 Positive  
 Negative 
 Unknown  



[21] Carbapenemase 
Positive  
Negative 
Unknown 
Antibiotic susceptibility testing (S/I/R, zone and/or MIC)  
 
 [26 ] SIR 
Zone diameter  
 MIC  
Gradient strip results  
[37] Reference 
guidelines  
 
(final interpretation 
  
result of all different 
 
susceptibility  test 
[28] 
[29] 
[36]  
[31] 
[32] 
[34] 
[35] 
Fill in EUCAST, 
[25]  Antibiotic 
performed) 
Result 
Interpretation 
Result 
Interpretation 
Result 
Interpretation 
CLSI, National, 
Disk load  
(mm) 
(SIR) 
(mg/l) 
(SIR) 
(mg/l) 
(SIR) 
Other 
Amoxicillin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ampicillin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Amoxicillin- 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
clavulanic acid 
Piperacillin - 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
tazobactam 
Gentamicin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Tobramycin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Netilmicin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Amikacin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ciprofloxacin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ofloxacin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Levofloxacin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Moxifloxacin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Cefotaxime  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ceftriaxone 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ceftazidime 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Cefepime 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Imipenem  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Meropenem 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Doripenem  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ertapenem 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Colistin 
 
 
 
 
  
 
 
 
 
Tigecycline 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Send this form to (Name/Institute/Contact details): 
 
 

 
Isolate Record Form Klebsiella pneumoniae 
Instructions: Please send data of the first blood and/or cerebrospinal fluid isolate of every patient with an invasive S. 
pneumoniae 
infection. Send data on resistant and susceptible isolates; use 1 form per isolate.  
* Mandatory variable, [n] Indicates variable number in reporting protocol 
[9] Laboratory Code  

□ 
[7] Date of sample collection  (yyyy-mm-dd ) 
[14] Isolate Id  
[10] Specimen  
 Blood 
CSF 
□ □

□ 
[11] Patient counter  
[12] Gender  
 Man 
Female 
 Other 
Unknown 
[13] Age (years) 



[15] Hospital Id 
[16] Patient type 
 Inpatient 
Outpatient 
 Other  
[19] Date of Hospitalisation (yyyy-mm-dd) 
□ Unknown 
[17] Hospital Department   



□ 


 Internal medicine 
Paediatrics/neonatal 
 Paediatrics/neonatal ICU 
Surgery 
 Haematology/Oncology 
Obstetrics/Gynaecology   

□ 


□  □
 Intensive care unit  
Emergency department 
Urology department 
 Infectious disease ward  
Other 
 Unknown 
Phenotypic detection of resistance 



[20] ESBL 
 Positive  
 Negative 
 Unknown  



[21] Carbapenemase 
Positive  
Negative 
Unknown 
Antibiotic susceptibility testing (S/I/R, zone and/or MIC)  
 
 [26 ] SIR 
Zone diameter  
 MIC  
Gradient strip results  
[37] Reference 
guidelines  
 
(final interpretation 
  
result of all different 
 
susceptibility  test 
[28] 
[29] 
[36]  
[31] 
[32] 
[34] 
[35] 
Fill in EUCAST, 
[25]  Antibiotic 
performed) 
Result 
Interpretation 
Result 
Interpretation 
Result 
Interpretation 
CLSI, National, 
Disk load  
(mm) 
(SIR) 
(mg/l) 
(SIR) 
(mg/l) 
(SIR) 
Other 
Amoxicillin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
clavulanic acid 
Piperacillin - 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
tazobactam 
Gentamicin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Tobramycin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Amikacin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Netilmicin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ciprofloxacin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ofloxacin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Levofloxacin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Moxifloxacin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Nalidixic acid  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Cefotaxime  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ceftriaxone 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ceftazidime 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Cefepime 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Imipenem  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Meropenem 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Doripenem  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ertapenem 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Colistin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Tigecycline 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Send this form to (Name/Institute/Contact details): 
 
 

 
Isolate Record Form Pseudomonas aeruginosa 
Instructions: Please send data of the first blood and/or cerebrospinal fluid isolate of every patient with an invasive S. 
pneumoniae 
infection. Send data on resistant and susceptible isolates; use 1 form per isolate.  
[n] Indicates variable number in reporting protocol 
[9] Laboratory Code  

□ 
[7] Date of sample collection  (yyyy-mm-dd ) 
[14] Isolate Id  
[10] Specimen  
 Blood 
CSF 
□ □

□ 
[11] Patient counter  
[12] Gender  
 Man 
Female 
 Other 
Unknown 
[13] Age (years) 



[15] Hospital Id 
[16] Patient type 
 Inpatient 
Outpatient 
 Other  
[19] Date of Hospitalisation (yyyy-mm-dd) 
□ Unknown 
[17] Hospital Department   



□ 


 Internal medicine 
Paediatrics/neonatal 
 Paediatrics/neonatal ICU 
Surgery 
 Haematology/Oncology 
Obstetrics/Gynaecology   

□ 


□  □
 Intensive care unit  
Emergency department 
Urology department 
 Infectious disease ward  
Other 
 Unknown 
Phenotypic detection of resistance 



[21] Carbapenemase 
Positive  
Negative 
Unknown 
Antibiotic susceptibility testing (S/I/R, zone and/or MIC)  
 
[26 ] SIR 
Zone diameter  
 MIC  
Gradient strip results  
[37] Reference 
 
 
  
guidelines  
 
(final 
[28] 
[29] 
[36]  
[31] 
[32] 
[34] 
[35] 
Fill in EUCAST, 
 
interpretation 
Result 
Interpretation 
Result 
Interpretation 
Result 
Interpretation 
CLSI, National, 
result of all 
Disk load 
 
(mm) 
(SIR) 
(mg/l) 
(SIR) 
(mg/l) 
(SIR) 
Other 
different 
(specify 
 
susceptibility  
unit)) 
test performed) 
[25]  Antibiotic 
Piperacillin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Piperacillin-
 
 
 
 
 
 
 
 
 
tazobactam 
Gentamicin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Tobramycin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Netilmicin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Amikacin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ciprofloxacin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Levofloxacin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ceftazidime  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Cefepime 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Imipenem  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Meropenem 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Doripenem  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Colistin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Send this form to (Name/Institute/Contact details): 
 
 
 
 
 
 
 
 

 
 
Isolate Record Form  □ Enterococcus faecium            
 
                               □ Enterococcus faecalis 
Instructions: Please send data of the first blood and/or cerebrospinal fluid isolate of every patient with an invasive S. 
pneumoniae 
infection. Send data on resistant and susceptible isolates; use 1 form per isolate.  
* Mandatory variable, [n] Indicates variable number in reporting protocol 
[9] Laboratory Code  

□ 
[7] Date of sample collection  (yyyy-mm-dd ) 
[14] Isolate Id 
[10] Specimen  
 Blood 
CSF 
□ □

□ 
[11] Patient counter  
[12] Gender  
 Man 
Female 
 Other 
Unknown 
[13] Age (years) 



[15] Hospital Id 
[16] Patient type 
 Inpatient 
Outpatient 
 Other  
[19] Date of Hospitalisation (yyyy-mm-dd) 
□ Unknown 
[17] Hospital Department   



□ 


 Internal medicine 
Paediatrics/neonatal 
 Paediatrics/neonatal ICU 
Surgery 
 Haematology/Oncology 
Obstetrics/Gynaecology   

□ 


□  □
 Intensive care unit  
Emergency department 
Urology department 
 Infectious disease ward  
Other 
 Unknown 
Antibiotic susceptibility testing (S/I/R, zone and/or MIC)  
 
 [26 ] SIR 
Zone diameter  
 MIC  
Gradient strip results  
[37] Reference 
 
 
  
guidelines  
 
(final 
[28] 
[29] 
[36]  
[31] 
[32] 
[34] 
[35] 
Fill in EUCAST, 
 
interpretation 
Result 
Interpretation 
Result 
Interpretation 
Result 
Interpretation 
CLSI, National, 
result of all 
Disk load 
 
(mm) 
(SIR) 
(mg/l) 
(SIR) 
(mg/l) 
(SIR) 
Other 
different 
(specify 
 
susceptibility  
unit)) 
test performed) 
[25]  Antibiotic 
Amoxicillin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ampicillin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Gentamicin - 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
High  
Vancomycin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Teicoplanin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 Linezolid 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Send this form to (Name/Institute/Contact details): 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

 
 
Isolate Record Form Acinetobacter spp. 
Instructions: Please send data of the first blood and/or cerebrospinal fluid isolate of every patient with an invasive S. 
pneumoniae 
infection. Send data on resistant and susceptible isolates; use 1 form per isolate.  
* Mandatory variable, [n] Indicates variable number in reporting protocol 
[9] Laboratory Code  

□ 
[7] Date of sample collection  (yyyy-mm-dd ) 
[14] Isolate Id  
[10] Specimen  
 Blood 
CSF 
□ □

□ 
[11] Patient counter  
[12] Gender  
 Man 
Female 
 Other 
Unknown 
[13] Age (years) 



[15] Hospital Id 
[16] Patient type 
 Inpatient 
Outpatient 
 Other  
[19] Date of Hospitalisation (yyyy-mm-dd) 
□ Unknown 
[17] Hospital Department   



□ 


 Internal medicine 
Paediatrics/neonatal 
 Paediatrics/neonatal ICU 
Surgery 
 Haematology/Oncology 
Obstetrics/Gynaecology   

□ 


□  □
 Intensive care unit  
Emergency department 
Urology department 
 Infectious disease ward  
Other 
 Unknown 
Phenotypic detection of resistance 



[21] Carbapenemase 
Positive  
Negative 
Unknown 
Antibiotic susceptibility testing (S/I/R, zone and/or MIC)  
 
 [26 ] SIR 
Zone diameter  
 MIC  
Gradient strip results  
[37] Reference 
 
 
  
guidelines  
 
(final 
[28] 
[29] 
[36]  
[31] 
[32] 
[34] 
[35] 
Fill in EUCAST, 
 
interpretation 
Result 
Interpretation 
Result 
Interpretation 
Result 
Interpretation 
CLSI, National, 
result of all 
Disk load 
 
(mm) 
(SIR) 
(mg/l) 
(SIR) 
(mg/l) 
(SIR) 
Other 
different 
(specify 
 
susceptibility  
unit) 
test performed) 
[25]  Antibiotic 
Ciprofloxacin  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Levofloxacin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Gentamicin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Tobramycin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Netilmicin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Amikacin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Imipenem  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Meropenem 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Doripenem  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Colistin 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Send this form to (Name/Institute/Contact details):