Esta es la versión HTML de un fichero adjunto a una solicitud de acceso a la información 'Infectious Diseases'.


 
 
 
 
 
 
 
TESSy - The European 
 
Surveillance System 
 
 
 
 
 
 
 
Gonococcal Antimicrobial Surveillance 
 
Reporting Protocol 2019 
Euro-GASP 
Surveillance data for 2018 and 2019 
 
 
 
March 2019 
 


link to page 6 link to page 6 link to page 7 link to page 7 link to page 8 link to page 8 link to page 8 link to page 8 link to page 8 link to page 8 link to page 8 link to page 9 link to page 9 link to page 9 link to page 9 link to page 9 link to page 10 link to page 11 link to page 11 link to page 13 link to page 13 link to page 13 link to page 13 link to page 14 link to page 14 link to page 14 link to page 16 link to page 17 link to page 17 link to page 26 link to page 26 link to page 28 link to page 28 Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Contents 
Introduction ............................................................................................................... 6 
How to use this document ..................................................................................................... 6 
Finding further information .................................................................................................... 7 
Copyright ............................................................................................................................. 7 
Framework for European Gonococcal Antimicrobial Surveillance Programme: isolates 
collected in 2018 and 2019 ......................................................................................... 8 

Isolate collection................................................................................................................... 8 
Submitted isolates ........................................................................................................... 8 
Selection criteria .............................................................................................................. 8 
Submission of isolates for centralised testing ..................................................................... 8 
Schedule of isolate collection 2018/2019 ........................................................................... 8 
Data collection ..................................................................................................................... 9 
Epidemiological information .............................................................................................. 9 
Centralised testing ........................................................................................................... 9 
Susceptibility testing ............................................................................................................. 9 
Centralised testing ........................................................................................................... 9 
Decentralised testing ..................................................................................................... 10 
National protocol ................................................................................................................ 11 
Gonococcal susceptibility data analysis ........................................................................... 11 
Reporting to TESSy ................................................................................................. 13 
Checking the data collection schedule ................................................................................. 13 
Preparing data ................................................................................................................... 13 
Checking metadata ............................................................................................................ 13 
Checking your data source profile ....................................................................................... 14 
Submitting your data ........................................................................................................... 14 
Finalising your submission .................................................................................................. 14 
Changes in current GONOAMR metadata .................................................................. 16 
Annex 1 GONOAMR metadata .................................................................................. 17 
GONOAMR metadata set ................................................................................................... 17 
GONOAMR metadata change history .................................................................................. 26 
GONOAMR metadata change history ............................................................................. 26 
Annex 2 GONOAMR-specific material ........................................................................ 28 
Procedure for saving gonococcal isolates ............................................................................ 28 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 3 of 31 

link to page 30 Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Annex 3 Protocol for Euro-GASP implementation at the national level .......................... 30 
 
 
 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 4 of 31 

link to page 17 link to page 17 link to page 21 link to page 25 link to page 26 link to page 28 link to page 29 link to page 29 link to page 29 link to page 30 Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
List of tables 
Table 1: Description of the variables to be collected for the European Gonococcal Antimicrobial 
Surveillance Programme. .............................................................................................................17 

Table 2: Validation rules ...............................................................................................................21 
Table 3: Euro-GASP data source variables ....................................................................................25 
Table 4: Summary of implemented general changes (applicable to several record types)..................26 
Table 5: Concentrations (mg/L) of antimicrobials used for the agar dilution breakpoint technique ......28 
Table 6. WHO Control Strains for use in Euro-GASP – MICs and susceptibility categories (SCs) 
obtained from Euro-GASP data .....................................................................................................29 

Table 7. MIC breakpoints for specific antimicrobials .......................................................................29 
Table 8. Euro-GASP information form ...........................................................................................30 
  
 
 
 
 
 
 
 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 5 of 31 

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Introduction  
 
The emergence of antimicrobial resistance (AMR) in Neisseria gonorrhoeae (NG) is a serious threat to 
the treatment and control of gonorrhoea. Numerous formerly effective therapeutic agents can no 
longer be used due to the emergence of resistance and subsequent rapid global spread. The 
development and spread of resistance to third generation cephalosporins in recent decades has 
further limited treatment options. The current European guideline recommends dual treatment with 
ceftriaxone and azithromycin to try to delay the development and/or spread of resistance against the 
last options for treatment. 
One of the specific objectives for surveillance of sexually transmitted infections in Europe is “to detect 
and monitor the resistance patterns in gonococci, preferably by epidemiological characteristics, in 
Europe to contribute to the treatment guidelines of gonorrhoea and to ensure appropriate treatment 
by promoting the coordination of laboratory network on gonococci resistance testing, including quality 
assurance and training.” In order to fulfil this objective, the European Gonococcal Antimicrobial 
Surveillance Programme (Euro-GASP) was launched in August 2009, and is currently outsourced to an 
international team lead by Public Health England and Örebro University Hospital (Sweden).  
The current objectives and scope of Euro-GASP are: 
  Support the ECDC in monitoring the susceptibility of N. gonorrhoeae isolates in the European 
Union/European Economic Area (EU/EEA) and EU enlargement countries by conducting 
surveillance for antimicrobial resistance in gonococci;  
  Support EU/EEA Member States and EU enlargement countries in developing high quality 
antimicrobial susceptibility testing and molecular typing including whole genome sequencing 
(WGS);  
  Support EU/EEA Member States in improving the quality of epidemiological data reported 
through Euro-GASP;  
  Through an external quality assessment (EQA) scheme, assess the accuracy of quantitative N. 
gonorrhoeae antimicrobial susceptibility testing reported by participating laboratories and the 
comparability of results between laboratories in order to identify any training needed for 
targeted capacity building; 
  Perform WGS of N. gonorrhoeae strains in order to inform about the geographic and temporal 
distribution patterns of public health relevant strains of N. gonorrhoeae in the EU/EEA region, 
including associations between genotype, antimicrobial resistance and patient characteristics;  
  Provide training on STI laboratory diagnostics, N. gonorrhoeae susceptibility testing and 
molecular typing including WGS.  
Sentinel surveillance has followed a hybrid centralized-decentralized model, with some countries 
performing susceptibility testing in their own laboratories, while others lacking capacity have sent 
isolates to hub laboratories.  
This protocol presents the instructions for collecting gonococcal strains and reporting of AMR data in 
the European surveillance system (TESSy).  
The Reporting Protocol is supplemented by the Technical Annex, which contains updated generic 
information for each data collection. 
Likewise, the Surveillance Protocol will contain some of the generic information previously contained 
in the Reporting Protocols. 
How to use this document 
This Reporting Protocol provides information for laboratories participating in Euro-GASP and reporting 
countries’ data managers in three main sections: 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 6 of 31 
 

link to page 8 link to page 13 link to page 17 link to page 28 link to page 30
Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
  Information on the European Gonococcal Antimicrobial Surveillance Programme. 
  Reporting to TESSy – contains guidelines on how to prepare data for submission to TESSy, 
deadlines, subject-specific information (e.g. new changes to metadata), and links to further 
information. 
  Annex 1 – contains: 
o  A history of metadata changes for the subject(s) covered by this Reporting Protocol. 
o  The metadata set for the subject(s) covered by this Reporting Protocol. 
  Annex 2 – contains subject-specific material relevant for distribution with the Reporting 
Protocol, including: 
o  Contact information 
o  Testing protocols 
  Annex 3 – contains information related to the protocol for implementation of Euro-GASP at a 
national level 
Finding further information  
 Paragraphs denoted by the information icon tell where you can find further information. 
Updated links to all the schedules, documentation and training materials mentioned in this Reporting 
Protocol are included in the Technical Annex, including: 
  Metadata sets and history. 
  Tutorials for data transformation using respectively Excel and Access. 
  TESSy user documentation. 
  CSV and XML transport protocols. 
Copyright  
© European Centre for Disease Prevention and Control, 2019. Reproduction is authorised, provided 
the source is acknowledged. 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 7 of 31 
 

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Framework for European Gonococcal 
Antimicrobial Surveillance Programme: isolates 
collected in 2018 and 2019 
Isolate collection 
Submitted isolates 
Each country should aim to collect 110 gonococcal isolates each year, with the overall aim to retrieve 
and test 100 isolates (200 isolates in some countries, see below). Countries participating in centralised 
testing should collect a minimum number of 10 isolates per year for a shipment to be organised. If 
less than 10 isolates are available then multiple years can be combined and the results added to ECDC 
surveillance atlas for those years, even if the reports for those years have been published. 
For countries performing decentralised testing where 100 isolates likely represent less than 10% of 
the total number of cases of gonorrhoea (Belgium, Denmark, France, Germany, Hungary, Ireland, the 
Netherlands, Spain, Sweden and the United Kingdom), up to 200 isolates should be collected in order 
to provide a more representative sample. If more than 200 isolates are reported in TESSy, the first 
two hundred isolates by date of diagnosis may be selected for analysis if a justification to include the 
additional isolates is not available.  
Selection criteria 
Isolates should be selected from consecutive patients and from patients representing different patient 
groups and geographical regions within the country to reflect the distribution of gonorrhoea cases in 
that country, if known. Consecutive isolate selection may not be possible if particular patient 
groups/regions are selected or if isolates with corresponding epidemiological data are selected in 
place of isolates with no data. Care should be taken to avoid selection bias.   
Multiple isolates from a single patient should be considered as a single episode of infection if the 
isolates were recovered within a period of ≤4 weeks, and only one isolate should be submitted, 
according to the hierarchy below. Where more than one isolate is collected from a patient, then a 
hierarchy of desired isolates for collection would be: 
Males - 1. Pharyngeal 2. Rectal 3. Urethral 4. Other  
Females – 1. Pharyngeal 2. Cervical 3. Other anogenital (High vaginal swab (HVS)/rectal/urethral) 4. 
Other  
Given the current view that cephalosporin resistance emerged through interaction between 
commensal Neisseria species and N. gonorrhoeae in the pharynx and the fact that cephalosporins and 
most other antimicrobials have a lower efficacy in the pharynx, pharyngeal samples (where available) 
should be selected first as cephalosporin resistance is most likely to develop at this site. 
Submission of isolates for centralised testing 
Each participating laboratory will be provided with cryopreservative beads to store gonococcal isolates 
(see Annex 1) until collection by courier once annually.  
Schedule of isolate collection 2018/2019 
The collection dates are between September and November. Countries with low collection numbers 
should use isolates from throughout the year. In addition, isolates outside of the September-
November collection period may be submitted if this enables a more representative isolate set from 
patients to be submitted (i.e. isolates representing different patient groups and geographical regions 
within the country to reflect the distribution of gonorrhoea cases in that country).    
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 8 of 31 
 

link to page 17 link to page 13 link to page 28 Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Data collection 
It is the aim of this surveillance system to link N. gonorrhoeae susceptibility data with basic 
epidemiological data to get an overview of risk groups and to target prevention measures. All data 
from the AMR susceptibility testing should be submitted to TESSy. The set of variables and validation 
rules are described in the section GONOAMR metadata set. This section also includes the variables 
which are part of the “Datasource”. Instructions on data reporting can be found in the section 
Reporting to TESSy. 
Epidemiological information  
A set of variables is collected as part of the enhanced STI surveillance and submitted by the national 
STI surveillance contact points in each country. It is suggested that the same source of 
epidemiological information is used for the GONOAMR surveillance database where it is possible to 
link the epidemiological information with the microbiological information in case-based formats. 
The method of obtaining epidemiological data could be implemented as follows: 
1.  The STI microbiology contact points who are submitting or testing isolates for AMR 
surveillance, will contact the national contact points for STI surveillance, who will already 
have collated this information, and request the information. This will require a patient 
identifier – at national level - to link the information. However, the patient identifier should 
not be sent to TESSy, it should be used for internal purposes only. 
2.  If the information submitted by the national contact points for STI surveillance cannot be 
linked with gonococcal isolates and associated antimicrobial susceptibility data (e.g. if the 
data for STI surveillance are aggregate, or there is no shared patient identifier between the 
epidemiological and microbiological data), the national contact points for STI microbiology 
would enter the available epidemiological data that were possible for the laboratory to 
retrieve (either data submitted with the isolate or data requested from place of sample 
collection).   
In both instances the epidemiological and microbiology data will be submitted by the national STI 
contact point (either microbiologist or epidemiologist or data managers) in TESSy.  
Please note that the submission of AMR results should not be delayed by missing epidemiological 
data; AMR results should be uploaded as soon as they become available and the data can be replaced 
by complete data at a later stage. 
Centralised testing 
Where centralised testing is being carried out, the hub will send results back to member states’ 
laboratories. Epidemiological and AMR data should then be entered in TESSy by member states. This 
could be done by the microbiology or epidemiological focal point as discussed above. As a quality 
control process, the hub will be able to check with the TESSy helpdesk on whether all cases tested 
have been reported through TESSy so further follow-up can be organised with individual 
laboratory/epidemiological contacts. 
Susceptibility testing 
Centralised testing 
For countries participating through centralised testing, all isolates sent to the hub will be tested for 
susceptibility to the following panel of therapeutically relevant antimicrobials. Further details on the 
testing methodology can be found in Annex 2. 
  Ciprofloxacin (agar dilution breakpoint technique or MIC gradient strip testing) 
  Azithromycin (MIC gradient strip testing) 
  Cefixime (MIC gradient strip testing) 
  Ceftriaxone (MIC gradient strip testing) 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 9 of 31 
 

link to page 28 link to page 28 Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
  β-lactamase test (nitrocefin test) for detection of high-level penicillin resistance 
In addition, gentamicin and spectinomycin should be tested for isolates collected in 2019 if possible 
as 2019 is a “snapshot” year1. 
 
Laboratories participating through centralised testing will be supported to move to decentralised 
testing through training, including country visits and twinning activities where necessary.  
Decentralised testing 
Laboratories from individual countries meeting the criteria described below will perform their own 
susceptibility testing and enter their results directly into TESSy. Even though antimicrobial 
susceptibility testing methods may vary, it is important that the breakpoints are harmonised and 
breakpoints used in Euro-GASP are adhered to (Annex 2).   
Selection criteria for decentralised testing 
To ensure the data quality is maintained for decentralised testing, the criteria for selecting individual 
laboratories to use their own methods to test the agreed core antimicrobial panel would include: 
  Laboratories should perform consistently well in the EQA (no more than 5% of MIC results 
should differ by more than two doubling dilutions of the modal MICs). EQA results not 
fulfilling these criteria can result in exclusion of national data for one or several years.  
  Laboratories should have a good comparability (at least 90% concordance between resistance 
category and no more than 5% of MIC results should differ by more than two doubling 
dilutions) between the laboratories own national or regional susceptibility testing data and 
susceptibility data generated by centralised susceptibility testing.  
 
If laboratories participating in decentralised testing wish to include data from gonococcal isolates that 
have undergone antimicrobial susceptibility testing in other laboratories, the decentralised laboratory 
needs to ensure that all submitting laboratories additionally pass the decentralised criteria stated 
above. Details of these additional laboratories should be provided to the hub. 
If laboratories significantly change their susceptibility testing methods i.e. changing from agar dilution 
to MIC gradient strip testing, then the Euro-GASP hub should be notified. Local validation data can be 
submitted to Euro-GASP for review, however this is not mandatory and decentralised laboratories are 
expected to use appropriate control strains (see Annex 2) so any potential issues are identified and to 
ensure consistency in the longitudinal data. 
 
Procedure for decentralised testing 
Laboratories identified as suitable candidates for participating in decentralised testing are required to: 
  Submit MIC data and corresponding resistance category assigned, that has been generated 
using MIC gradient strip testing, the agar dilution method or the agar dilution breakpoint 
method. 
  Use appropriate gonococcal control strains (see Annex 2) (previously supplied by ECDC via 
the EQAs, also available at NCTC) and internal quality control (IQC) data should ideally be 
submitted annually to the Euro-GASP hub for quality assurance purposes. The MICs of the 
control strains should be within the modal MIC ranges and the Euro-GASP hub can help in 
troubleshooting if deviations from these MIC ranges are noted. 
                                                
1 Gentamicin and spectinomycin are no longer routinely tested annually as neither spectinomycin nor 
gentamicin is routinely used for treatment of gonorrhoea. Spectinomycin is also difficult to acquire. 
However, a snapshot of the current antibiotic susceptibility situation is performed every third year 
using an extended panel of antibiotics, including spectinomycin and gentamicin. This is not 
mandatory.  The last “snapshot” year was 2016 and 2019 is therefore a “snapshot” year.   
 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 10 of 31 
 

link to page 30 Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
  Test a core group of antimicrobials, ideally as close as possible to the core panel tested by the 
centralised approach, but as an absolute minimum to include ceftriaxone, cefixime and 
azithromycin: 
 
o  Ceftriaxone 
o  Cefixime 
o  Azithromycin 
o  Ciprofloxacin 
o  ß-lactamase/penicillinase activity 
  Submit susceptibility data to TESSy in a timely fashion. 
 
In the short-term it is anticipated that data should be submitted from one laboratory per country. If 
multiple testing sites exist within a country then there should be local organisation of data collection 
and data should be submitted by the (main) national STI laboratory contact. 
 
 
Confirmation of resistant isolates 
The susceptibility testing and N. gonorrhoeae species identification should be repeated for all isolates 
that are resistant to ceftriaxone (MICs>0.125 mg/L), on isolates that show elevated resistance to 
cefixime (MICs>0.25 mg/L), and all isolates showing high-level resistance to azithromycin (MICs≥256 
mg/L). Those isolates are also recommended to be sent to the Reference Laboratory Hub 
(London/Örebro) for further verification and whole genome sequencing (including determination of 
NG-MAST ST, MLST ST, NG-STAR ST and genetic resistance determinants). If necessary, a Material 
Transfer Agreement (MTA) can be signed by the ECDC/Reference Laboratory Hub and the owner of 
the isolates. 
National protocol 
Each country reporting susceptibility data should provide the following additional information on how 
surveillance for N. gonorrhoeae is implemented at national level. This information is critical in 
interpreting data and in ensuring accurate linking of laboratory and epidemiological data. The National 
Protocol template, including data to be provided, is available in Annex 3. 
Gonococcal susceptibility data analysis 
Collated data will be analysed for a brief Euro-GASP report will be analysed for emerging trends in 
AMR. All susceptibility category data will be available on-line here: 
https://atlas.ecdc.europa.eu/public/index.aspx. The following analyses are currently performed and a 
selection included in the surveillance report. Additional analyses might be included in the report based 
on emerging trends: 
1.  Summary of isolates tested and percentage of epidemiological data completeness for 
each country (table). 
2.  Patient characteristics reported for Euro-GASP gonococcal isolates (table). 
3.  Patient age distribution by gender and sexual orientation (table). 
4.  Overall incidence of resistance for each included antimicrobial for each testing year (line 
graph).  
5.  Resistance to cefixime, azithromycin and ciprofloxacin, beta-lactamase production, by 
country with trends over time (table). 
6.  Map of proportion of isolates with cefixime resistance by country. 
7.  MIC distribution by year for cefixime (bar graph). 
8.  Percentage of isolates with cefixime resistance by gender and sexual orientation (line 
graph). 
9.  MIC distribution by year for ceftriaxone (bar graph). 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 11 of 31 
 

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
10.  Map of proportion of isolates with azithromycin ECOFF > 1 mg/L by country. 
11.  MIC distribution by year for azithromycin (bar graph). 
12.  Percentage of isolates with azithromycin ECOFF > 1 mg/L by gender and sexual 
orientation (line graph). 
13.  Ciprofloxacin resistance by gender and sexual orientation (described in text). 
14.  Summary of diagnostic tests used (supplementary table). 
15.  Percentage of known treatments used (supplementary table). 
 
 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 12 of 31 
 

link to page 13 link to page 13 link to page 13 link to page 14 link to page 14 link to page 14 link to page 14 link to page 17

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Reporting to TESSy  
This section provides both an overview of the TESSy reporting process and tips on where you can find 
useful information. 
The overall process is: 
1.  Familiarise yourself with the data collection deadlines. 
2.  Prepare (export and transform) your data. 
3.  Check that your data complies with the metadata. 
4.  Check that your data source profile is up-to-date. 
5.  Submit your file(s) to TESSy. 
6.  Finalise and approve your submission. 
Checking the data col ection schedule 
 An updated link to the current data collections schedule is provided in the Technical Annex. 
The deadline for reporting isolates collected in 2018 is 31 May 2019. The aim is to produce a report 
on 2018 data before the end of 2019. Please note that if epidemiological data is not available by the 
collection deadline, this can still be uploaded to TESSy at a later stage. It is important that schedules 
are respected to achieve the updated timeframes. Countries not reporting in time will be excluded 
from the 2018 report. 
Any emerging AMR issues which need to be disseminated rapidly can also be reported via EPIS STI 
(Epidemic Intelligence Service for STI). 
Preparing data 
After you have exported the data from your national database, you need to ensure that the data are 
in a format that TESSy can accept. This applies both to the type of file submitted to TESSy (only CSV 
and XML files can be submitted) and to the format of the data in certain fields. 
 Tutorials covering how you can transform your data to the correct TESSy format using Excel or 
Access are available on the TESSy documents website. Information on the file formats is available in 
the CSV Transport Protocol and XML Transport Protocol. 
Checking metadata 
The TESSy metadata define the fields and data formats that are valid as input to TESSy for a given 
subject. 
As requirements to the data to be shared among TESSy users change, the data changes needed to 
support the new requirements are identified and agreed upon between the National Surveillance 
Contact Points, the Network Coordination Groups and ECDC’s Disease Experts, and then implemented 
as changes to the TESSy metadata. 
In order to ensure that your data can be saved correctly in TESSy, you therefore need to check that 
your data are correctly formatted according to the most recent metadata set. 
Changes to the metadata for the subject of this Reporting Protocol are described in: 
  Changes to current metadata – changes since the last Reporting Protocol. 
  Annex 1 Metadata change history – all preceding changes. 
It is especially important to focus on: 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 13 of 31 
 






Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
 
Field formats 
Many fields require that data are formatted in a specific way. For example, dates must be in the 
YYYY-MM-DD format; dates in the DD/MM/YYYY format will be rejected. 
 
Coded values  
Some fields only permit the use of specific values (coded values). For example, MFUNK, or 
Other are the coded values for Gender and any other value in a Gender field will be rejected. 
The metadata file contains all the definitions and rules you need to comply with to format your data 
correctly for every subject (usually a disease). The file can be downloaded as an Excel file from the 
TESSy documents website. 
By filtering the fields in the file by subject, you can see the fields required for your subject and the 
rules applying to these fields. 
 The Technical Annex provides an overview of how you work with the metadata file, and the 
TESSy user documentation provides in-depth details on metadata. 
Checking your data source profile 
Before submitting your file(s), please review the profile for your data source(s) in TESSy (go to Data 
Sources
), and update the information, if necessary.  
 
Complete and up-to-date data source information for each subject is important for improving 
interpretation of data - each surveillance system has different features that need to be taken into 
account when comparing data at an international level. 
If your data source information is out-of-date and you do not have access rights to update it, please 
request your National Focal Point for Surveillance or National Coordinator to do so. 
 In-depth information on the data source variables is available in the TESSy user documentation. 
Submitting your data 
Data is submitted through the TESSy web interface (go to Upload). 
 
 The Technical Annex provides an overview of how you submit files to TESSy, and the TESSy user 
documentation provides in-depth descriptions of all the upload methods. 
Finalising your submission 
The compliance of your data with the validation rules in the metadata is checked automatically during 
the data upload process. 
The result of your upload – i.e. rejected or validated – is displayed immediately after the conclusion 
of the check in the Validation details webpage. Please review the result carefully: 
  If your file has been rejected, there will be a message explaining each instance of non-
compliance with the metadata that you need to correct. 
  If your file has been validated, there might be warnings and remarks relating to possible data 
quality issues or to potential overwriting of existing records that you should consider. 
When your file has been validated and you are satisfied that all corrections have been made, please 
ensure prompt approval – unapproved uploads can block for the approval of other uploads.  
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 14 of 31 
 


Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
 The TESSy user documentation provides information on reviewing validation results and adjusting 
reporting periods to avoid overwriting existing records. 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 15 of 31 
 

link to page 26 link to page 26 link to page 17
Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Changes in current GONOAMR metadata 
The 2018 changes are summarised in Annex 1: Table 4: Summary of implemented general changes 
(applicable to several record types) 

The previous metadata changes are described in Annex 1. 
 Information on changes to the metadata for other subjects is available on the TESSy 
documentation website. 
 
In 2019 additional validation  rules have been introduced and applied to RecordType 8: 
  The variables AZMSIR, CROSIR, CIPSIR, CFMSIR and SPTSIR have been made mandatory, 
however UNK is allowed. Reporting of the SIR variables is essential to allow for appropriate 
analysis and display of the data in the surveillance atlas 
  For the variables CROSIR, CIPSIR, CFMSIR and SPTSIR and respective ResultSign variables, a 
warning is given if SIR is "I" and ResultSign is not "=". For variables AZMSIR, CROSIR, CIPSIR, 
CFMSIR and SPTSIR if SIR is "R" and ResultSign is "<" and if SIR is "S" and ResultSign is ">". 
This has been introduced as some errors with the ResultSign variables have been noticed. 
  For variable AZMSIR the ECOFF at 1 mg/L should be used for “R”, <=1 mg/L should be “S”. 
Please note that the ECOFF is not to be used for recording resistance and susceptibility, but for 
distinguishing between isolates with acquired resistance mechanisms (MIC > 1 mg/L).   
 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 16 of 31 
 

link to page 17 link to page 26 Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Annex 1 GONOAMR metadata  
This section describes: 
  The GONOAMR metadata set 
  Previous changes to the GONOAMR metadata 
GONOAMR metadata set 
Table 1: Description of the variables to be collected for the European Gonococcal Antimicrobial 
Surveillance Programme.  

Note: Changes from previous versions are highlighted. 
Variable 
Variable description 
Coding 
Validation rules 
RecordId 
Unique identifier for each record 
Text 
Mandatory 
within and across the national 
surveillance system – Member 
State selected and generated. A 
unique identifier must be used for 
all years; repeat use of a specific 
identifier will replace the contents 
of the original entry. We suggest to 
include the isolate year in the 
RecordId to avoid overwriting data. 
RecordType 
RecordType corresponding to the 
GONOAMR 
Mandatory 
Subject 
RecordTypeVersion 
Version of the RecordType used. 

 
This should be reported as 8. If 
you use different RecordType 
versions the data may be rejected. 
Status 
Default if left out: NEW/UPDATE. If  Status of reporting 
 
set to DELETE, the record with the 
NEW/UPDATE or DELETE 
given RecordId will be deleted from  (inactivate). 
the TESSy database (or better 
stated, invalidated). If set to 
NEW/UPDATE or left empty, the 
record is newly entered into the 
database. 
Subject 
Subject corresponding to the 
GONOAMR 
Mandatory 
RecordType 
ReportingCountry 
The country reporting the record. 
ISO coded value list 
Mandatory 
DataSource 
The data source for AMR NG 
Coded value list; codes 
Mandatory 
(laboratory) that the record 
maintained by each 
originates from.  
Member State in the Data 
Source editing interface in 
TESSy 
DateUsedForStatistics 
Date the specimen was taken from 
Preferred format: yyyy-
Mandatory 
the patient, alternatively use date 
mm-dd 
received in laboratory 
Gender 
Gender of the infected person 
F = Female 
Mandatory 
M = Male 
O = Other  
UNK = UNK 
Age 
Age in years of patient as reported 
0-120, UNK 
Mandatory 
in the national system 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 17 of 31 
 

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Variable 
Variable description 
Coding 
Validation rules 
PlaceOfResidence 
Place of residence of patient, NUTS  NUTS code 0-3. Available 
 
level 0-3 (region) 
from the TESSy 
metadataset (sheet “coded 
value lists”; coded value 
list “NUTS”) 
ClinicalServiceType 
Type of clinical service where 
ANC - ANC  
 
patient was first seen 
COMB - Combined service  
DV - Dermatology-
venereology clinic  
ED - Hospital Emergency 
Dept  
FPC - Family Planning 
Clinic  
GP - General Practitioner  
GYN - Gynaecology clinic  
ID - Infectious disease 
clinic  
OPC - Other primary care  
STI - Dedicated STI clinic  
URO - Urology  
YTH - Youth clinics  
O - Other  
UNK – Unknown 
ClinicLocation 
Clinic location 
Free text address using the   
format: Street, Number, 
Postcode, City. As a 
minimum please report 
City. 
ClinicCoordinates 
Clinic coordinates 
Latitude and Longitude of 
 
the STI clinic where the 
case was tested. Latitude 
and Longitude in this 
order. Format: NN.NN, 
NN.NN 
CountryOfBirthGONOAMR 
Country of birth of patient 
ISO coded value list 
 
(Country), UNK 
ProbableCountryOfInfectio
Probable country(ies) of infection, 
ISO coded value list, UNK 
 

country(ies) visited during the 
incubation period of the reported 
disease.  
Repeatable field. 
Transmission 
Mode of transmission 
HETERO = Heterosexual 
Error if Transmission 
contact 
= MSM and Gender 
MSM = MSM/homo or 
= F 
bisexual male 
Error if Transmission 
MTCT = Mother-to-child 
= MSM, Gender is 
transmission 
not  Male or Other 
O = Other 
UNK = Unknown 
SiteOfInfection 
Site of Infection 
AR = Ano-Rectal 
 
GEN = Genital 
PH = Pharyngeal 
O = Other 
UNK = Unknown 
PrevGono 
Existing evidence about previous 
Y = Yes 
 
gonorrhoea 
N = No 
UNK =Unknown 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 18 of 31 
 

link to page 19 link to page 19 link to page 19 Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Variable 
Variable description 
Coding 
Validation rules 
HIVStatus 
HIV Status of patient at time of 
POS = Positive 
 
diagnosis 
POSKNOWN = Known HIV 
positive 
POSNEW = New HIV 
diagnosis 
NEG = Negative 
UNK = Unknown 
ConcurrentSTI 
Concurrent STI 
CHLAM = Chlamydia  
 
HEPB = Hepatitis B 
HEPC = Hepatitis C 
HERP = Genital herpes 
LGV = LGV  
SYPH = Syphilis 
WARTS = Genital warts 
MYCO = Mycoplasma 
genitalium 
NO = No concurrent STI 
UNK = Unknown 
ResultPor2 
porB allele number generated from  Number 
number should be 
a 490 nucleotide porB sequence 
>=1 and an integer 
submitted to the NG-MAST website 
(http://www.ng-mast.net) 
ResultTbpB2 
tbpB allele number generated from  Number 
number should be 
a 390 nucleotide tbpB sequence 
>=1 and an integer 
submitted to the NG-MAST website 
(http://www.ng-mast.net) 
ResultSeqType2 
NG-MAST sequence type. A 
Number 
number should be 
combination of the porB and tbpB 
>=1 and an integer 
allele numbers, obtained by 
submission to the NG-MAST 
website (http://www.ng-mast.net) 
Genogroup2 
NG-MAST genogroup as defined in 
‘G’ and number e.g. G1407    
molecular typing surveys  
DiagnosticTest 
Diagnostic test used 
CULT = culture (including 
 
 
methods used to identify 
Note: this is a repeatable field and 
N. gonorrhoeae from 
multiple columns with this variable 
culture, such as MALDI-
name can be included.  
TOF, API and Phadebact)  
MICRO = microscopy  
N/A = Not applicable 
NUCLACID = detection of 
nucleic acid  
O = Other 
UNK = Unknown 
                                                
2 To upload only for years when whole genome sequencing studies are implemented 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 19 of 31 
 

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Variable 
Variable description 
Coding 
Validation rules 
TreatmentUsed 
Treatment used 
AZM = Azithromycin 
 
 
CFM = Cefixime 
Note: this is a repeatable field and 
CIP = Ciprofloxacin 
multiple columns with this variable 
CRO = Ceftriaxone 
name can be included. 
CROAZM = Ceftriaxone 
and Azithromycin 
GEN = Gentamicin 
O = Other  
SPT = Spectinomycin 
CFMAZM = Cefixime and 
Azithromycin 
DOX = Doxycycline 
PEN = Penicillin 
CRO_250mg_AZM_1g = 
Ceftriaxone 250mg and 
Azithromycin 1g 
CRO_250mg_AZM_2g = 
Ceftriaxone 250mg and 
Azithromycin 2g 
CRO_500mg_AZM_1g = 
Ceftriaxone 500mg and 
Azithromycin 1g 
CRO_500mg_AZM_2g= 
Ceftriaxone 500mg and 
Azithromycin 2g 
CRO_1g_AZM_1g = 
Ceftriaxone 1g and 
Azithromycin 1g 
CRO_1g_AZM_2g = 
Ceftriaxone 1g and 
Azithromycin 2g 
CRO_250mg = Ceftriaxone 
250mg 
CRO_500mg = Ceftriaxone 
500mg  
CRO_1g = Ceftriaxone 1g 
AZM_1g = Azithromycin 1g 
AZM_2g = Azithromycin 2g  
CFM_400mg_AZM_1g = 
Cefixime 400mg and 
Azithromycin 1g 
CFM_400mg_AZM_2g = 
Cefixime 400mg and 
Azithromycin 2g 
CFM_400mg = Cefixime 
400mg 
UNK = Unknown 
 
PenicillinaseActivityGONO 
Penicillinase activity 
POS = Positive 
 
NEG = Negative 
UNK = Unknown 
AZMResultSign 
Sign 
<  Less than 
 
CFMResultSign 
Sign 
<= Less than or equal 
 
= Equal 
CIPResultSign 
Sign 
 
> Greater than  
CROResultSign 
Sign 
 
 
GENResultSign 
Sign 
 
SPTResultSign 
Sign 
 
AZMResultValue 
Value 
Number 
Error if TestMethod 
= Etest/MIC and  
CFMResultValue 
Value 
ResultValue is not 
CIPResultValue 
Value 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 20 of 31 
 

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Variable 
Variable description 
Coding 
Validation rules 
CROResultValue 
Value 
reported 
GENResultValue 
Value 
SPTResultValue 
Value 
AZMSIR 
Final interpretation result 
S = Susceptible 
Mandatory, UNK 
I = Intermediate 
allowed. 
CFMSIR 
Final interpretation result 
susceptibility 
Error if ResultValue 
CIPSIR 
Final interpretation result 
R = Resistant 
is reported and SIR 
CROSIR 
Final interpretation result 
UNK = Unknown 
is not reported or is 
GENSIR 
Final interpretation result 
reported as “UNK” 
SPTSIR 
Final interpretation result 
AZMTestMethod 
Test method 
ETEST = MIC gradient 
 
strip test 
CFMTestMethod 
Test method 
 
MIC = MIC 
CIPTestMethod 
Test method 
 
BKP = Breakpoint 
CROTestMethod 
Test method 
 
GENTestMethod 
Test method 
 
SPTTestMethod 
Test method 
 
Table 2: Validation rules  
Variables in rule 
Severity  Validation rule 
Validation message 
Gender, 
Error 
If Gender is not 'M' or ‘Other’ and 
If MSM transmission is reported, gender 
Transmission 
Transmission is 'MSM' 
should be ‘M’ or ‘Other’ 
Gender, 
Error 
If Gender is 'F' and Transmission is 
Females cannot have Transmission = 
Transmission 
'MSM' 
MSM. 
CIPResultValue, 
Error 
If CIPResultValue > 0.03 and 
If CIPResultValue > 0.03 and 
CIPSIR 
CIPResultValue <= 0.06 and CIPSIR is  CIPResultValue <= 0.06, CIPSIR must 
not 'I' 
be I. 
CIPResultValue, 
Error 
If CIPResultValue > 0.06 and CIPSIR is  If CIPResultValue > 0.06, CIPSIR must 
CIPSIR 
not 'R' 
be R. 
CIPResultValue, 
Error 
If CIPResultValue <= 0.03 and CIPSIR  If CIPResultValue <= 0.03, CIPSIR must 
CIPSIR 
is not 'S' 
be S. 
SPTResultValue, 
Error 
If SPTResultValue > 64 and SPTSIR is  If SPTResultValue > 64, SPTSIR must 
SPTSIR 
not 'R' 
be R. 
SPTResultValue, 
Error 
If SPTResultValue <= 64 and SPTSIR is  If SPTResultValue <= 64, SPTSIR must 
SPTSIR 
not 'S' 
be S. 
AZMResultValue, 
Error 
If AZMResultValue > 1 and AZMSIR is  If AZMResultValue > 1, AZMSIR must 
AZMSIR 
not 'R' 
be R (ECOFF). 
AZMResultValue, 
Error 
If AZMResultValue<= 1.0 and AZMSIR  If AZMResultValue <= 1.0, AZMSIR 
AZMSIR 
is not 'S' 
must be S. 
 
 
 
 
CFMResultValue, 
Error 
If CFMResultValue>0.125 and CFMSIR  If CFMResultValue > 0.125, CFMSIR 
CFMSIR 
is not 'R' 
must be R. 
CFMResultValue, 
Error 
If CFMResultValue<=0.125 and CFMSIR If CFMResultValue <= 0.125, CFMSIR 
CFMSIR 
is not 'S' 
must be S. 
CROResultValue, 
Error 
If CROResultValue>0.125 and CROSIR  If CROResultValue > 0.125, CROSIR 
CROSIR 
is not 'R' 
must be R. 
CROResultValue, 
Error 
If CROResultValue<=0.125 and CROSIR IF CROResultValue <= 0.125, CROSIR 
CROSIR 
is not 'S' 
must be S. 
GENSIR 
Error 
If GENSIR is not 'UNK' 
There are no resistance breakpoints 
defined for gentamicin: GENSIR must 
be UNK. 
GENResultSign, 
Error 
If GENResultSign is reported and 
If GENResultSign is reported, then 
GENResultValue 
GENResultValue is not reported 
GENResultValue should be reported. 
CIPResultSign, 
Error 
If CIPResultSign is reported and 
If CIPResultSign is reported, then 
CIPResultValue 
CIPResultValue is not reported 
CIPResultValue should be reported. 
SPTResultSign, 
Error 
If SPTResultSign is reported and 
If SPTResultSign is reported, then 
SPTResultValue 
SPTResultValue is not reported 
SPTResultValue should be reported. 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 21 of 31 
 

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Variables in rule 
Severity  Validation rule 
Validation message 
AZMResultSign, 
Error 
If AZMResultSign is reported and 
If AZMResultSign is reported, then 
AZMResultValue 
AZMResultValue is not reported 
AZMResultValue should be reported. 
CFMResultSign, 
Error 
If CFMResultSign is reported and 
If CFMResultSign is reported, then 
CFMResultValue 
CFMResultValue is not reported 
CFMResultValue should be reported. 
CROResultSign, 
Error 
If CROResultSign is reported and 
If CROResultSign is reported, then 
CROResultValue 
CROResultValue is not reported 
CROResultValue should be reported. 
GENResultSign, 
Error 
If GENResultValue is reported and 
If GENResultValue is reported, then 
GENResultValue 
GENResultSign is not reported 
GENResultSign should be reported. 
CIPResultSign, 
Error 
If CIPResultValue is reported and 
If CIPResultValue is reported, then 
CIPResultValue 
CIPResultSign is not reported 
CIPResultSign should be reported. 
SPTResultSign, 
Error 
If SPTResultValue is reported and 
If SPTResultValue is reported, then 
SPTResultValue 
SPTResultSign is not reported 
SPTResultSign should be reported. 
AZMResultSign, 
Error 
If AZMResultValue is reported and 
If AZMResultValue is reported, then 
AZMResultValue 
AZMResultSign is not reported 
AZMResultSign should be reported. 
CFMResultSign, 
Error 
If CFMResultValue is reported and 
If CFMResultValue is reported, then 
CFMResultValue 
CFMResultSign is not reported 
CFMResultSign should be reported. 
CROResultSign, 
Error 
If CROResultValue is reported and 
If CROResultValue is reported, then 
CROResultValue 
CROResultSign is not reported 
CROResultSign should be reported. 
GENResultValue, 
Error 
If GENResultValue is not reported and  If GENSIR is unknown(UNK), then 
GENSIR 
GENSIR is 'UNK' 
GENResultValue must be known. 
CIPResultValue, 
Error 
If CIPResultValue is not reported and 
If CIPSIR is unknown(UNK), then 
CIPSIR 
CIPSIR is 'UNK' 
CIPResultValue must be known. 
SPTResultValue, 
Error 
If SPTResultValue is not reported and  If SPTSIR is unknown(UNK), then 
SPTSIR 
SPTSIR is 'UNK' 
SPTResultValue must be known. 
AZMResultValue, 
Error 
If AZMResultValue is not reported and  If AZMSIR is unknown(UNK), then 
AZMSIR 
AZMSIR is 'UNK' 
AZMResultValue must be known. 
CFMResultValue, 
Error 
If CFMResultValue is not reported and  If CFMSIR is unknown(UNK), then 
CFMSIR 
CFMSIR is 'UNK' 
CFMResultValue must be known. 
CROResultValue, 
Error 
If CROResultValue is not reported and  If CROSIR is unknown(UNK), then 
CROSIR 
CROSIR is 'UNK' 
CROResultValue must be known. 
CFMResultValue 
Warning  If CFMResultValue is > 0.25 
Please note that the cefixime MIC 
reported is > 0.25: according to the 
Euro-GASP reporting protocol, the MIC 
should be repeated and identification 
confirmed. 
CROResultValue 
Warning  If CROResultValue is > 0.125 
Please note that the ceftriaxone MIC 
reported is > 0.125: according to the 
Euro-GASP reporting protocol, the MIC 
should be repeated and identification 
confirmed. 
AZMResultSign, 
Error 
 if AZMResultSign='<' and AZMSIR='R'  If the AZMResultSign is “<” or “<=” 
AZMSIR 
then AZMSIR should not be reported as 
“R” 
CFMResultSign, 
Error 
 if CFMResultSign='<' and CFMSIR='R'  If the CFMResultSign is “<” or “<=” 
CFMSIR 
then CFMSIR should not be reported as 
“R” 
CIPResultSign, 
Error 
 if CIPResultSign='<' and CIPSIR='R' 
If the CIPResultSign is “<” or “<=” then 
CIPSIR 
CIPSIR should not be reported as “R” 
CROResultSign, 
Error 
 if CROResultSign='<' and CROSIR='R'  If the CROResultSign is “<” or “<=” 
CROSIR 
then CROSIR should not be reported as 
“R” 
SPTResultSign, 
Error 
 if SPTResultSign='<' and SPTSIR='R'  If the  SPTResultSign is “<” or “<=” 
SPTSIR 
then SPTSIR should not be reported as 
“R” 
CFMResultSign, 
Error 
 if CFMResultSign='<=' and CFMSIR='R' If the CFMResultSign is “<” or “<=” 
CFMSIR 
then CFMSIR should not be reported as 
“R” 
CIPResultSign, 
Error 
 if CIPResultSign='<=' and CIPSIR='R'  If the CIPResultSign is “<” or “<=” then 
CIPSIR 
CIPSIR should not be reported as “R” 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 22 of 31 
 

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Variables in rule 
Severity  Validation rule 
Validation message 
CROResultSign, 
Error 
 if CROResultSign='<=' and CROSIR='R' If the CROResultSign is “<” or “<=” 
CROSIR 
then CROSIR should not be reported as 
“R” 
SPTResultSign, 
Error 
 if SPTResultSign='<=' and SPTSIR='R'  If the  SPTResultSign is “<” or “<=” 
SPTSIR 
then SPTSIR should not be reported as 
“R” 
AZMResultSign, 
Error 
 if AZMResultSign='<=' and AZMSIR='R' If the   AZMResultSign is “<” or “<=” 
AZMSIR 
then  AZMSIR should not be reported as 
“R” 
AZMResultSign, 
Error 
 if AZMResultSign='>' and AZMSIR='S'  If theAZMResultSign is “>” or “>=” then 
AZMSIR 
AZMSIR should not be reported as “S” 
CFMResultSign, 
Error 
 if CFMResultSign='>' and CFMSIR='S'  If the CFMResultSign is “>” or “>=” 
CFMSIR 
then CFMSIR should not be reported as 
“S” 
CIPResultSign, 
Error 
 if CIPResultSign='>' and CIPSIR='S' 
If the CIPResultSign is “>” or “>=” then 
CIPSIR 
CIPSIR should not be reported as “S” 
CROResultSign, 
Error 
 if CROResultSign='>' and CROSIR='S'  If the CROResultSign is “>” or “>=” 
CROSIR 
then CROSIR should not be reported as 
“S” 
SPTResultSign, 
Error 
 if SPTResultSign='>' and SPTSIR='S'  If the  SPTResultSign is “>” or “>=” 
SPTSIR 
then SPTSIR should not be reported as 
“S” 
AZMResultSign, 
Error 
 if AZMResultSign='>=' and AZMSIR='S' If the AZMResultSign is “>” or “>=” 
AZMSIR 
then AZMSIR should not be reported as 
“S” 
CFMResultSign, 
Error 
 if CFMResultSign='>=' and CFMSIR='S' If the CFMResultSign is “>” or “>=” 
CFMSIR 
then CFMSIR should not be reported as 
“S” 
CIPResultSign, 
Error 
 if CIPResultSign='>=' and CIPSIR='S'  If the CIPResultSign is “>” or “>=” then 
CIPSIR 
CIPSIR should not be reported as “S” 
CROResultSign, 
Error 
 if CROResultSign='>=' and CROSIR='S' If the CROResultSign is “>” or “>=” 
CROSIR 
then CROSIR should not be reported as 
“S” 
SPTResultSign, 
Error 
 if SPTResultSign='>=' and SPTSIR='S'  If the  SPTResultSign is “>” or “>=” 
SPTSIR 
then SPTSIR should not be reported as 
“S” 
AZMResultSign, 
Warning   if  AZMResultSign '>=' and 
Please note that in case the highest 
AZMTestMethod 
AZMTestMethod = MIC 
tested concentration shows growth, you 
should report AZMResultValue =[the 
highest tested concentration] and 
AZMResultSign=">". 
CFMResultSign, 
Warning   if CFMResultSign '>=' and 
Please note that in case the highest 
CFMTestMethod 
CFMTestMethod = MIC 
tested concentration shows growth, you 
should report CFMResultValue =[the 
highest tested concentration] and 
CFMResultSign=">". 
CIPResultSign, 
Warning   if CIPResultSign '>=' and 
Please note that in case the highest 
CIPTestMethod 
CIPTestMethod = MIC 
tested concentration shows growth, you 
should report CIPResultValue =[the 
highest tested concentration] and 
CIPResultSign=">". 
CROResultSign, 
Warning   if CROResultSign '>=' and 
Please note that in case the highest 
CROTestMethod 
CROTestMethod = MIC 
tested concentration shows growth, you 
should report CROResultValue =[the 
highest tested concentration] and 
CROResultSign=">".. 
GENResultSign, 
Warning   if GENResultSign '>=' and 
Please note that in case the highest 
GENTestMethod 
GENTestMethod = MIC 
tested concentration shows growth, you 
should report GENResultValue =[the 
highest tested concentration] and 
GENResultSign=">". 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 23 of 31 
 

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Variables in rule 
Severity  Validation rule 
Validation message 
SPTResultSign, 
Warning   if SPTResultSign '>=' and 
Please note that in case the highest 
SPTTestMethod 
SPTTestMethod = MIC 
tested concentration shows growth, you 
should report SPTResultValue =[the 
highest tested concentration] and 
SPTResultSign=">". 
AZMResultSign, 
Warning   if  AZMResultSign '>=' and 
Please note that in case the highest 
AZMTestMethod 
AZMTestMethod =ETEST 
tested concentration shows growth, you 
should report AZMResultValue =[the 
highest tested concentration] and 
AZMResultSign=">".. 
CFMResultSign, 
Warning   if CFMResultSign '>=' and 
Please note that in case the highest 
CFMTestMethod 
CFMTestMethod = ETEST 
tested concentration shows growth, you 
should report CFMResultValue =[the 
highest tested concentration] and 
CFMResultSign=">". 
CIPResultSign, 
Warning   if CIPResultSign '>=' and 
Please note that in case the highest 
CIPTestMethod 
CIPTestMethod = ETEST 
tested concentration shows growth, you 
should report CIPResultValue =[the 
highest tested concentration] and 
CIPResultSign=">". 
CROResultSign, 
Warning   if CROResultSign '>=' and 
Please note that in case the highest 
CROTestMethod 
CROTestMethod = ETEST 
tested concentration shows growth, you 
should report CROResultValue =[the 
highest tested concentration] and 
CROResultSign=">". 
GENResultSign, 
Warning   if GENResultSign '>=' and 
Please note that in case the highest 
GENTestMethod 
GENTestMethod = ETEST 
tested concentration shows growth, you 
should report GENResultValue =[the 
highest tested concentration] and 
GENResultSign=">".. 
SPTResultSign, 
Warning   if SPTResultSign '>=' and 
Please note that in case the highest 
SPTTestMethod 
SPTTestMethod =ETEST 
tested concentration shows growth, you 
should report SPTResultValue =[the 
highest tested concentration] and 
SPTResultSign=">". 
AZMResultValue, 
Error 
If AZMTestMethod = Etest/MIC then If a method which produces an MIC is 
AZMTestMethod 
AZMResultValue must be reported   used then the resulting MIC should be 
reported 
CFMResultValue, 
Error 
If CFMTestMethod = Etest/MIC then If a method which produces an MIC is 
CFMTestMethod 
CFMResultValue must be reported   used then the resulting MIC should be 
reported 
CIPResultValue, 
Error 
If CIPTestMethod = Etest/MIC then  If a method which produces an MIC is 
CIPTestMethod 
CIPResultValue must be reported   used then the resulting MIC should be 
reported 
CROResultValue, 
Error 
If CROTestMethod = Etest/MIC then If a method which produces an MIC is 
CROTestMethod 
CROResultValue must be reported   used then the resulting MIC should be 
reported 
GENResultValue, 
Error 
If GENTestMethod = Etest/MIC then If a method which produces an MIC is 
GENTestMethod 
ResultValue must be reported  
used then the resulting MIC should be 
reported 
SPTResultValue, 
Error 
If SPTTestMethod = Etest/MIC then If a method which produces an MIC is 
SPTTestMethod 
ResultValue must be reported  
used then the resulting MIC should be 
reported 
CIPSIR, 
Error  
If CIPResultValue is reported and  If an MIC is reported then the 
CIPResultValue 
CIPSIR is not reported or is 
interpretation according to EUCAST 
reported as “UNK” 
guidelines should be reported 
AZMSIR, 
Error  
If AZMResultValue is reported and  If an MIC is reported then the 
AZMResultValue 
AZMSIR is not reported or is 
interpretation according to EUCAST 
reported as “UNK” 
guidelines should be reported 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 24 of 31 
 

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Variables in rule 
Severity  Validation rule 
Validation message 
SPTSIR, 
Error  
If SPTResultValue is reported and  If an MIC is reported then the 
SPTResultValue 
SPTSIR is not reported or is 
interpretation according to EUCAST 
reported as “UNK” 
guidelines should be reported 
CFMSIR, 
Error  
If CFMResultValue is reported and  If an MIC is reported then the 
CFMResultValue 
CFMSIR is not reported or is 
interpretation according to EUCAST 
reported as “UNK” 
guidelines should be reported 
CROSIR, 
Error  
If CROResultValue is reported and  If an MIC is reported then the 
CROResultValue 
CROSIR is not reported or is 
interpretation according to EUCAST 
reported as “UNK” 
guidelines should be reported 
CROSIR; CIPSIR; 
Warning  if SIR is “I” and ResultSign is not “=” 
If the SIR value is “I” then the 
CFMSIR; SPTSIR and 
 
ResultSign should usually be reported 
respective 
as “=” 
*ResultSign variables 
AZMSIR; CROSIR; 
Warning  if SIR is “R” and ResultSign is “<” 
If the SIR value is “R” then the 
CIPSIR; CFMSIR; 
 
ResultSign should usually not be “<” 
SPTSIR and 
respective 
*ResultSign variables 
AZMSIR; CROSIR; 
Warning  if SIR is “S” and ResultSign is “>” 
If the SIR value is “S” then the 
CIPSIR; CFMSIR; 
ResultSign should usually not be “>” 
SPTSIR and 
respective 
*ResultSign variables 
AZMSIR 
Error 
if SIR is “I” 
No clinical breakpoints for azithromycin 
available, ECOFF > 1 mg/L 
Table 3: Euro-GASP data source variables 
Variable 
Variable description 
Coding 
Validation rule 
Subject mnemonic 
Mnemonic of country data source 
Coded value list 
 
Subject name 
Name of country data source 
Coded value list 
 
Comment 
Short description of the surveillance 
Text 
 
system for the disease. Important 
details for the analysis. 
Coverage 
Coverage of the surveillance system 
NAT = National 
Mandatory 
REG = Regional 
LOC = Local 
UNK = Unknown 
Comprehensive 
Comprehensive: Reporting is based on 
Comp = 
Mandatory 
cases occurring within the whole 
Comprehensive 
population of the geographical area 
O = Other 
where the surveillance system is set up 
Sent = Sentinel 
(national, regional, etc.). Sentinel: 
UNK = Unknown 
Reporting is based on a selected group 
of physicians/hospitals/laboratories/or 
other institutions’ notifications and/or 
cases occurring within a selected group 
of population defined by age group, 
gender, exposure or other selection 
criteria. Other: Reporting is based on a 
part of the population or group of 
physicians (or other institutions) which 
is not specified, for example reporting 
of some laboratories with no selection 
criteria. 
StartSurvSys 
Start year for data collection in the 
YYYY 
 
surveillance system. 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 25 of 31 
 

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Variable 
Variable description 
Coding 
Validation rule 
InternalQualityContro
WHO-recommended strains used for 
WHOCS = WHO 
 

quality control procedures. 
control strains 
OTH = Other control 
strains used 
NT = Not tested 
UNK = Unknown 
 
GONOAMR metadata change history 
Metadata changes prior to 2014 can be found on the TESSy documents website. 
GONOAMR metadata change history 
Table 4: Summary of implemented general changes (applicable to several record types) 
 
Year 
Subject 
Description 
2019 
GONOAMR 
The variables AZMSIR, CROSIR, CIPSIR, CFMSIR and SPTSIR have been made mandatory, however 
UNK is allowed. Reporting of the SIR variables is essential to allow for appropriate analysis and 
display of the data in the surveillance atlas 
For the variables CROSIR, CIPSIR, CFMSIR and SPTSIR and respective ResultSign variables, a warning 
is given if SIR is "I" and ResultSign is not "=". For variables AZMSIR, CROSIR, CIPSIR, CFMSIR and 
SPTSIR, if SIR is "R" and ResultSign is "<" and if SIR is "S" and ResultSign is ">". This has been 
introduced as some errors with the ResultSign variables have been noticed. 
For variable AZMSIR the ECOFF at 1 mg/L should be used for “R”, <=1 mg/L should be “S”. Please 
note that the ECOFF is not to be used for recording resistance and susceptibility, but for 
distinguishing between isolates with acquired resistance mechanisms (MIC > 1 mg/L)   
2018 
GONOAMR 
New optional variables have been added (ClinicLocation, ClinicCoordinates) to collect alternative 
information on the clinic location in order to better understand the source of isolates included in 
Euro-GASP.  
Update coded value lists for SiteOfInfectionSTI: removed NA (Not applicable) 
Add validation rules for: 
 
Transmission and Gender 
 
TestMethod and ResultValue 
Change coded value list for CountryOfBirth from Country_Incl_HistCountries to Country - previously 
included historical countries make analysis more difficult when historical countries have broken up 
(eg USSR). 
Update coded value lists for TreatmentUsed - addition of doses for the main antimicrobials used for 
treatment 
Add validation rules for SIR and ResultValue variables to reduce the likelihood of errors where 
countries report MIC values but not the interpretation of the result. 
2017 
GONOAMR 
Ciprofloxacin breakpoints have been implemented to conform with EUCAST breakpoints (S≤0.03 
mg/L, I=0.047-0.06 mg/L, R>0.06 mg/L) and a subsequent update of the validation rules for 
variables ‘CIPResultValue’ and ‘CIPSIR’; 
Three additional treatment options were added to the variable ‘TreatmentUsed’; CFMAZM = 
Cefixime and Azithromycin, DOX = Doxycycline, PEN = Penicillin 
A new variable ‘Genogroup’ was added to record the NG-MAST genogroups from the molecular 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 26 of 31 
 

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Year 
Subject 
Description 
typing surveys. 
These changes have been implemented through a new record type version GONOAMR.v7 and were 
previously agreed by the Euro-GASP network at the co-ordination meeting in Bratislava, March 
2016. 
Validation rules have been added to improve the quality of reported data and reduce errors. These 
2016 
GONOAMR 
include validation rules comparing ResultSign and SIR to reject combinations which are not logical 
and validation rules for ResultSign and ResultValue which do not allow the use of ResultSign '>=' 
2015 
GONOAMR 
Following discussions at the Euro-GASP co-ordination meeting in December 2013 and the STI 
Network Meeting in 2014, the structure of the metadata has been changed to a single level one. 
This means that only one file needs to be uploaded now. This file includes all the epidemiological 
and microbiological variables.  
In addition, the following changes have been made: 
 
New variables to collect data on diagnostic tests used and treatment used (both 
repeatable fields) 
 
Removing Ureaplasma from the list of possible co-infections (not considered an STI in 
many patients) 
 
Specifying “Mycoplasma genitalium” as a possible co-infection (previously defined as 
“mycoplasma”) 
 
Reporting of penicillinase activity is now through the PenicillinaseActivityGONO field, 
coded as “Pos”, “Neg” or “Unk”. 
 
Updating of validation rules in the context of the new structure. 
These changes have been implemented through a new record type version GONOAMR.v5. All 
previous metadata versions have been deactivated. This means that only this format can be used 
for reporting.  
2014 
All 
Update NUTS codes according to the NUTS Codes 2010 classification from EUROSTAT 
 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 27 of 31 
 

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Annex 2 GONOAMR-specific material  
  Contact information: 
o  ECDC expert:  
Gianfranco Spiteri 
Email: xxxxxxxxxx.xxxxxxx@xxxx.xxxxxxx.xx 
Phone: +46 (0)8 5860 1445   
o  Project manager: 
Michelle Cole 
Email: xxxxxxxx.xxxx@xxx.xxx.xx 
Phone: +44 (0)208 3276465   
Procedure for saving gonococcal isolates 
1.  Label a cryovial with a study number using a permanent marker, or the labels provided. 
2.  Using a loop, gather as much growth as possible from a pure fresh culture and re-suspend in 
the microbank fluid.  
3.  Close the cryovial tightly and invert 5 times to mix up the organism with the fluid.  
4.  Using a fine-tip pastette remove as much liquid as possible, and close the cryovial tightly.  
5.  Place in the freezer (preferable -70oC, range -50°C to -80°C) in a designated box. 
6.  Record the data for that strain and study number. 
Centralised testing protocol 
1. Isolates are shipped frozen to Public Health England, London, UK or Örebro University Hospital, Örebro, 
Sweden 
2. The isolates are stored at −70°C or in liquid nitrogen. 
3. Isolates are transferred to non-selective agar (such as GCVIT with 1% Vitox (Oxoid)) and incubated for 
18 to 24 hours at 36°C in humid 5% CO2-enriched atmosphere. 
4. The purity and the identity of the isolates are confirmed by Gram stain, oxidase and PCR or Maldi-TOF. A 
further sub-culture from a single colony (to avoid mixed infections) is grown. 
5. If there is a high level of contamination, cultures are repeatedly transferred to selective agar. 
6. Susceptibility testing is performed using the agar dilution breakpoint technique Etest for ciprofloxacin, 
azithromycin, spectinomycin and gentamicin (spectinomycin and gentamicin tested in snapshot years 
only; 2016 and 2019). Suspensions of cultures aged 18 to 24 hours are prepared equivalent to 
McFarland standard 0.5 (approximately 104 colony forming units (cfu)/µL) in sterile saline. Using a 
multipoint inoculator, suspensions are inoculated onto GC agar plates with 1% Vitox, containing a panel 
of antimicrobials at the following breakpoint concentrations: 
Table 5: Concentrations (mg/L) of antimicrobials used for the agar dilution breakpoint technique  
Antimicrobial 
Intermediate  
Resistant 
Ciprofloxacin 
0.03 
0.06 
Spectinomycinⱡ 
 
64 
Gentamicinⱡ (no breakpoint 
1, 2, 4, 8, 16 
determined yet) 
ⱡTesting in snapshot years; 2016 and 2019 
 
7.  The ceftriaxone and cefixime MICs are determined using Etests according to the 
manufacturer’s instructions. 
8.  All isolates are tested for penicillinase production using the chromogenic reagent Nitrocefin. 
9.  The following control strains are tested on the poured agar dilution plates and each batch of 
Etests (Table 6): 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 28 of 31 
 

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
  WHO G  
  WHO K   
  WHO M  
  WHO P  
  WHO O (for use when spectinomycin is being tested) 
 
Table 6. WHO Control Strains for use in Euro-GASP – MICs and susceptibility categories (SCs) 
obtained from Euro-GASP data 

Azithromycin 
Cefixime 
Ceftriaxone 
Ciprofloxacin  Gentamicin  Spectinomycin 
  
  
Strain  
β-
lactamase 
 
MIC 
SC 
MIC 
SC 
MIC 
SC 
MIC 
SC 
MIC 
SC 
MIC 
WHO G 
NEG 
 
0.25 

≤0.016 

0.008 

0.125 
UK 


16 
WHO K 
NEG 
 
0.25 

0.25 

0.064 

>32 
UK 


16 
WHO M 
POS 
 
0.5 

≤0.016 

0.008 


UK 


16 
WHO O 
POS 
 
0.25 

0.016 

0.016 

0.008 
UK 


>1024 
WHO P 
NEG 
 


≤0.016 

0.004 

0.004 
UK 


16 
Notes: MIC data col ated from the centralised/decentralised testing centres and the Euro-GASP EQAs to establish modal MICs 
and SCs. Decentralised laboratories should also establish their own local modal MIC data. Control strain MICs should be no 
more than one doubling dilution different to the MICs in the Table 6.  The modal MICs in Table 6 may be updated when further 
data has been col ected. Decentralised testing laboratories are ultimately responsible for their own QC data however QC data 
should be sent to the ECDC microbiologists regularly to ensure the data is within the expected limits.   
 
 
10.  Bacterial growth is recorded for the agar dilution plates and the MIC is recorded from the 
Etest plates. The category of resistance is determined using the following breakpoints: 
Table 7. MIC breakpoints for specific antimicrobials 
MIC breakpoint (mg/L) 
Antimicrobial 
R > 

S ≤ 
 
Azithromycin 
1* 
 
1* 
Cefixime 
0.12* 
 
0.12 
Ceftriaxone 
0.12* 
 
0.12 
Ciprofloxacin 
0.06 
0.06 
0.03 
Spectinomycin 
64 
 
64 
Gentamicin 
No breakpoints determined yet 
Note: European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing breakpoints are used (www.eucast.org/clinical_breakpoints).  
*ECOFF used to detect isolates with antimicrobial resistance determinants, which are recorded as “R” in Euro-GASP 
**0.125 mg/L if Etest or other MIC gradient strip test is used 
11.  Isolates that are contaminated in the original vial or are slow to grow are re-saved. 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 29 of 31 
 

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
Annex 3 Protocol for Euro-GASP implementation 
at the national level 
Each country referring gonococcal isolates or susceptibility data should provide the following 
additional information to implement Euro-GASP at national level. This information is critical in 
interpreting data and in ensuring accurate linking of laboratory and epidemiological data. Data to be 
provided includes: 
• 
Sampling strategy – providing information on the geographical coverage of isolates 
submitted (complete, national, regional, local). 
• 
Information on regions of the country covered (or place of residence) 
• 
Describe the Data source and sampling frame: where the isolates come from (STI clinics, 
DV clinics, GPs, hospitals etc.); how are they sampled (consecutive patients; sampling) 
• 
How is the AMR data linked to the epidemiological data (available with isolate submitted 
to the laboratory, data is requested from the isolate source, such as the STI clinic/GP 
surgery, data is requested from the epidemiologist) 
• 
MIC range of testing method for each antimicrobial; 
• 
Control strains tested for each media/reagent batch or for each antimicrobial tested; 
• 
Institute/Laboratory/Person submitting the AMR and epidemiological AMR data in TESSy; 
• 
Information on how the AMR data and epidemiological data is linked. 
Please complete and return it to: 
Email: xxxxxxxxx@xxxx.xxxxxx.xx in copy to xxxxxxxx.xxxx@xxx.xxx.xx 
Table 8. Euro-GASP information form 
1. Identifying information  
Name:   
Laboratory/Institute name:  
Date form completed:  
2. Sampling strategy – Please provide information on the geographical coverage of isolates submitted (complete, 
national, regional, local) 
3. Please provide information on regions of the country covered (or place of residence)  
4. Please describe the source of the isolates (STI clinics, DV clinics, GPs, hospitals etc.)  
5. How are the isolates sampled (consecutive, selective)? 
6. How were the epidemiological data obtained (available with isolate submitted to the laboratory; data were 
requested from the isolate source, such as the STI clinic/GP surgery; data were requested from the 
epidemiologist)? 
7. How are the AMR data and epidemiological data linked? 
8. Institute/laboratory/person submitting the GC AMR data to TESSy. 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 30 of 31 
 

Gonococcal Antimicrobial Surveillance Reporting Protocol 2019 
 
 
9. Institute/laboratory/person submitting the epidemiological data to TESSy. 
10. For laboratories performing decentralised testing, please provide the following antimicrobial information:  
 
Methodology   
Agar base (GC, 
MIC range (min – max) 
chocolate, DST etc.)   
(MIC gradient strip 
 
testing and 
 
manufacturer/Agar 
dilution/breakpoint) 
Ceftriaxone 
 
 
 
Cefixime 
 
 
 
Azithromycin 
 
 
 
Ciprofloxacin 
 
 
 
Spectinomycin 
 
 
 
Gentamicin 
 
 
 
Beta-lactamase 
 
 
 
 
 
 
 
 
11. Please list the control strains tested for each media/reagent batch or for each antimicrobial tested. 
 
 
© ECDC March 2019 All rights reserved. 
 
Page 31 of 31