Dies ist eine HTML Version eines Anhanges der Informationsfreiheitsanfrage 'Infectious Diseases'.


 
 
 
 
 
 
 
TESSy - The European 
 
Surveillance System 
 
 
 
 
 
 
 
STI Reporting Protocol 2019 
 
Sexually Transmitted Infections 
Surveillance data for 2018 
 
 
 
 
February 2019 
 


link to page 4 link to page 4 link to page 4 link to page 4 link to page 5 link to page 5 link to page 5 link to page 5 link to page 6 link to page 6 link to page 6 link to page 7 link to page 8 link to page 8 link to page 8 link to page 9 link to page 10 link to page 11 link to page 11 link to page 11 link to page 11 link to page 11 link to page 12 link to page 12 STI Reporting Protocol 2019 
 
Introduction 
Contents 
Introduction ............................................................................................................... 4 
How to use this document ..................................................................................................... 4 
Finding further information .................................................................................................... 4 
Copyright ............................................................................................................................. 4 

Reporting to TESSy .................................................................................................... 5 
Checking the data collection schedule .................................................................................... 5 
Preparing data ...................................................................................................................... 5 
Checking metadata ............................................................................................................... 5 
Checking your data source profile .......................................................................................... 6 
Submitting your data ............................................................................................................ 6 
Finalising your submission ..................................................................................................... 6 

Changes to current STI metadata ................................................................................ 7 
Annex 1 STI metadata ................................................................................................ 8 
Current record type versions ................................................................................................. 8 
STI metadata set .................................................................................................................. 8 

STI epidemiological variables ............................................................................................ 9 
STI metadata change history ............................................................................................... 10 
Annex 2 Subject-specific material .............................................................................. 11 
STI data collection .............................................................................................................. 11 
Historical data (1990-2017) ............................................................................................ 11 
STI data analysis plan ......................................................................................................... 11 
Completeness and origin of reporting .............................................................................. 11 
Preparing datasets for analyses ...................................................................................... 12 
Descriptive epidemiology ................................................................................................ 12 

© ECDC February 2019 All rights reserved. 
 
Page 3 of 14 

link to page 8 link to page 4 link to page 8 link to page 8
STI Reporting Protocol 2019 
 
Introduction 
Introduction  
This reporting protocol is for the 2019 data call for sexually transmitted infections surveillance data 
for 2018.  
ECDC’s Reporting Protocols are data collection guidelines for reporting countries’ data managers; the 
Reporting Protocol is intended to improve user-friendliness by providing a uniform structure to make 
it easier for data managers to find data collection information across different subjects. 
Because reporting countries’ data managers sometimes play multiple roles, it is sometimes relevant to 
distribute subject-specific material together with a Reporting Protocol. To maintain the uniform 
structure, this information is now included in Annex 2. 
How to use this document 
This Reporting Protocol provides information for reporting countries’ data managers in three main 
sections: 
  Reporting to TESSy – contains guidelines on how to prepare data for submission to TESSy, 
deadlines, subject-specific information (e.g. new changes to metadata), and links to further 
information. 
  Annex 1 – contains: 
o  A history of metadata changes for the subject(s) covered by this Reporting Protocol. 
o  The metadata set for the subject(s) covered by this Reporting Protocol. 
  Annex 2 – contains subject-specific material relevant for distribution with the Reporting 
Protocol, for example: 
o  Guidelines for data collection. 
o  Analysis plan. 
Finding further information  
 Paragraphs denoted by the information icon tell where you can find further information. 
Updated links to all the schedules, documentation and training materials mentioned in this Reporting 
Protocol are included in the TESSy document section, including: 
  Metadata sets and history. 
  Tutorials for data transformation using respectively Excel and Access. 
  TESSy user documentation. 
  CSV and XML transport protocols. 
Copyright 
© European Centre for Disease Prevention and Control, 2019. Reproduction is authorised, provided 
the source is acknowledged. 
 
Page 4 of 14 

link to page 5 link to page 5 link to page 5 link to page 6 link to page 6 link to page 6 link to page 7 link to page 8

STI Reporting Protocol 2019 
 
Reporting to TESSy 
Reporting to TESSy  
This section provides both an overview of the TESSy reporting process and tips on where you can find 
useful information. 
The overall process is: 
1.  Familiarise yourself with the data collection deadlines. 
2.  Prepare (export and transform) your data. 
3.  Check that your data comply with the metadata. 
4.  Check that your data source profile is up-to-date. 
5.  Submit your file(s) to TESSy. 
6.  Finalise your submission. 
Checking the data col ection schedule 
 The latest data collection schedule is available in the TESSy website. 
The deadline for reporting 2018 STI surveillance data is 30 September 2019. 
Preparing data 
After you have exported the data from your national database, you need to ensure that the data are 
in a format that TESSy can accept. This applies both to the type of file submitted to TESSy (only CSV 
and XML files can be submitted) and to the format of the data in certain fields. 
 Tutorials covering how you can transform your data to the correct TESSy format using Excel or 
Access are available on the TESSy documents website. Information on the file formats is available in 
the CSV Transport Protocol and XML Transport Protocol. 
Checking metadata 
The TESSy metadata define the fields and data formats that are valid as input to TESSy for a given 
subject. 
As requirements to the data to be shared among TESSy users change, the data changes needed to 
support the new requirements are identified and agreed upon between the National Surveillance 
Focal Points, the surveillance networks and their coordination groups and ECDC’s disease experts, 
and then implemented as changes to the TESSy metadata. 
In order to ensure that your data can be saved correctly in TESSy, you therefore need to check that 
your data are correctly formatted according to the most recent metadata set. 
Changes to the metadata for the subject of this Reporting Protocol are described in: 
  Changes to current STI metadata – changes since the last Reporting Protocol. 
  Annex 1 STI metadata change history – all preceding changes. 
It is especially important to focus on: 
 
Field formats 
Many fields require that data are formatted in a specific way. For example, dates must be in the 
YYYY-MM-DD format; dates in the DD/MM/YYYY format will be rejected. 
 
Coded values  
Some fields only permit the use of specific values (coded values). For example, MFUNK, or 
Other are the coded values for Gender and any other value in a Gender field will be rejected. 
 
Page 5 of 14 





STI Reporting Protocol 2019 
 
Reporting to TESSy 
A single metadata set file contains all the definitions and rules you need to comply with to format 
your data correctly for every subject (usually a disease). The file can be downloaded as an Excel file 
from the TESSy documents website. 
By filtering the fields in the file by subject, you can see the fields required for your subject and the 
rules applying to these fields. 
Checking your data source profile 
Before submitting your file(s), please review the profile for your data source(s) in TESSy (go to Data 
Sources
), and update the information, if necessary.  
 
Complete and up-to-date data source information for each subject is important for improving 
interpretation of data - each surveillance system has different features that need to be taken into 
account when comparing data at an international level. 
If your data source information is out-of-date and you do not have access rights to update it, please 
request your National Focal Point for Surveillance or National Coordinator to do so. 
 In-depth information on the data source variables is available in the TESSy user documentation. 
Submitting your data 
Data are submitted through the TESSy web interface (go to Upload). 
 
Finalising your submission 
The compliance of your data with the validation rules in the metadata is checked automatically during 
the data upload process. 
The result of your upload – i.e. rejected or validated – is displayed immediately after the conclusion 
of the check in the Validation details webpage. Please review the result carefully: 
  If your file has been rejected, there will be a message explaining each instance of non-
compliance with the metadata that you need to correct. 
  If your file has been validated, there might be warnings and remarks relating to possible data 
quality issues or to potential overwriting of existing records that you should consider. 
When you file has been validated and you are satisfied that all corrections have been made, please 
ensure prompt approval – unapproved uploads can block for the approval of other uploads. 
 The TESSy user documentation provides information on reviewing validation results and adjusting 
reporting periods to avoid overwriting existing records. 
Following submission, further validation checks are performed by ECDC disease experts. If issues are 
identified, experts may contact you for clarification and/or to upload corrected data. 
 
Page 6 of 14 

link to page 8
STI Reporting Protocol 2019 
 
Changes to current STI metadata 
Changes to current STI metadata 
The coded value list for the variable SiteOfInfection has been changed to include NA. This is because 
some validation rules require the value NA. 
The previous metadata changes are described in Annex 1. 
 Information on changes to the metadata for other subjects is available on the TESSy 
documentation website. 
 
Page 7 of 14 

link to page 8 link to page 10 link to page 8 link to page 8 STI Reporting Protocol 2019 
 
Annex 1 STI metadata 
Annex 1 STI metadata  
This section describes: 
  The STI metadata set 
  Changes to the STI metadata since 2015 
 
Current record type versions 
Table 1 shows the record type versions to be used when reporting 2018 STI surveillance data to 
TESSy. 
Table 1: STI record type versions for 2018 data 
Disease 
Case-based  
Aggregated record type 
record type version 
version 
Chlamydia 
CHLAM.3 
STIAGGR.1 
Gonorrhoea 
GONO.3 
STIAGGR.1 
LGV 
LGV.2 
STIAGGR.1 
Congenital Syphilis 
CONSYPH.2 
AGGR.1 
Syphilis 
SYPH.3 
STIAGGR.1 
STI metadata set 
Table 2 lists the metadata variables for STI. 
The common variables apply to reporting case-based data for all STI and consist of 20 variables. 
These variables can be divided into system-related and epidemiological variables.  
The variables used for reporting aggregated data include age class, gender, case classification, date 
used for statistics, reporting country and the number of cases. The hierarchy for aggregated reporting 
is as follows:  
1.  Gender 
2.  Age class 
3.  Transmission 
Table 2: STI metadata variables 
Variable Name 
Syphilis 
Gonorrhoea  Chlamydia  LGV 
Congenital 
Syphilis 

Common variables 
1.   RecordID 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
2.   RecordType 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
3.   RecordTypeVersion 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
4.   Subject 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
5.   Status 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
 
Page 8 of 14 

STI Reporting Protocol 2019 
 
Annex 1 STI metadata 
6.   DataSource 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
7.   Age 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
8.   Gender 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
9.   Outcome 
NA 
NA 
NA 
NA 
 √ 
10. DateofOnset 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
11. DateOfDiagnosis 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
12. DateOfNotification 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
13. DateUsedForStatistics 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
14. ReportingCountry 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
15. Classification 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
16. ClinicalCriteria 
NA 
NA 
NA 
NA 
 NA 
17. LaboratoryResult 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
18. EpiLinked 
NA 
NA 
NA 
NA 
NA 
19. PlaceOfNotification 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
20. PlaceOfResidence 
√ 
√ 
√ 
√ 
√ 
Disease-specific variables 
21. ClinicalServiceType 
√ 
√ 
√ 
√ 
 
22. CountryOfBirth 
√ 
√ 
 
√ 
√ 
23. CountryOfNationality 
√ 
√ 
 
√ 
 
24. ProbableCountryOfInfection 
√ 
√ 
 
√ 
 
25. Transmission 
√ 
√ 
√ 
√ 
 
26. HIVStatus 
√ 
√ 
√ 
√ 
 
27. SexWorker 
√ 
√ 
 
√ 
 
28. ContactSW 
√ 
√ 
 
√ 
 
29. SiteOfInfection 
√ 
√ 
√ 
√ 
 
30. StageSYPH 
√ 
 
 
 
 
31. StageSYPHdetailed 
√ 
 
 
 
 
32. CountryOfBirthOfMother 
 
 
 
 
√ 
33. CountryOfNationalityOfMother 
 
 
 
 
√ 
34. AgeMonth 
 
 
 
 
√ 
STI epidemiological variables 
• 
In the Annual Epidemiological Report (AER), the date of diagnosis (as a proxy for date of 
consultation) is used for all analyses. If possible, please report this date as the Date used 
for Statistics. 
• 
For chlamydia, gonorrhoea, syphilis, congenital syphilis and LGV, only confirmed cases 
should be reported at EU level. Cases must be classified according to EU case definitions. 
If different case definitions are used, please specify this in the Data Source data. 
• 
When reporting the age-class for aggregated data, please use the following categories: 
0-4, 5-14, 15-19, 20-24, 25-34, 35-44, 45-64, ≥ 65. This is coded in TESSy as 
AGECLASS2 (coded value list name), subset of codes 5_ (codes for age categories are 
preceded by 5_). If this age grouping is not applied, it might not be possible to use the 
 
Page 9 of 14 

STI Reporting Protocol 2019 
 
Annex 1 STI metadata 
country data for parts of the analysis. If this coding is not possible, please contact the 
TESSy team to identify possible alternative options. 
STI metadata change history 
Metadata changes prior to 2015 can be found on the TESSy documents website. 
Table 3: Summary of implemented changes to STI metadata 
Year 
Subject  Description 
2015 
STI 
 
There were no STI metadata changes in 2015. 
2016 
STI 
 
There were no STI metadata changes in 2016. 
2017 
STI 
 
There were no STI metadata changes in 2017. 
2018 
SYPH   
Coded value list for “SiteOfInfection” was changed to include the value NA. The value NA is required for a 
validation rule. 
 
 
Page 10 of 14 

link to page 11 link to page 11 STI Reporting Protocol 2019 
 
Annex 2 Subject-specific material 
Annex 2 Subject-specific material  
  STI data collection 
  STI data analysis plan 
  Contact information (disease experts and others) 
STI data collection 
The surveillance data on five STIs are collected as part of the enhanced surveillance for STIs and 
concern cases that were diagnosed in 2018. Case-based data are preferred. If case-based data 
are not available, the aggregate format (RecordType: STIAGGR) broken down by 1) gender, 2) age 
class and 3) transmission may be used. Please note that reporting in aggregated format means that 
your country’s data might not be used for some of the more detailed analyses.  
Historical data (1990-2017) 
Data for 1990-2017 has been collected in previous data collections and have been published in 
previous STI surveillance reports and the ECDC surveillance atlas. Historical data can be corrected by 
re-uploading to TESSy. These updates are taken into account for the AER and reflected in updates of 
the surveillance atlas if done before the deadline.  
Historical data should be uploaded in the following ways: 
  1990-1999: annual data in aggregated data format broken down by 1) gender – 2) age 
class (preferred category) – 3) transmission. This means that ‘Date of Statistics’ is YYYY 
(1990-1999) only for the inclusion of historical data.  
  2000 onwards: case-based data is preferred. If case-based data are not available the 
aggregate format broken down by 1) gender, 2) age class and 3) transmission may be used. 
STI data analysis plan 
This data analysis plan describes the analyses performed for the STI chapters of the Annual 
Epidemiological Report. All analyses described below will be performed, however a selection will be 
used in the report. Conversely, additional analyses which are data-driven will be performed. Analyses 
that are considered to be useful for future inclusion in the AER will be included in future versions of 
this document. All analyses except where otherwise specified are based on the variable Date of 
Diagnosis as the date field.  
The STI surveillance data will be presented as a chapter of the AER in an online report 
(https://ecdc.europa.eu/en/annual-epidemiological-reports) linked to the ECDC surveillance atlas of 
infectious diseases (http://ecdc.europa.eu/en/data-tools/atlas/Pages/atlas.aspx). A selection of 
analyses will be presented in the report and atlas.  
Completeness and origin of reporting 
The completeness of data will be analysed overall. Completeness by country will also be analysed and 
fed back to countries to show how they fare compared to the overall EU/EEA average. An analysis of 
the ‘Datasource’ variables will give an overview by country of the availability of data in 2018 and 
provides an overview of the origin of the data. The information is needed to be able to interpret the 
actual data on STIs. The main characteristics which will be assessed include: type of system 
(comprehensive, sentinel), type of reporting (clinical, laboratory), legal framework (compulsory, 
voluntary). 
Data will be presented in the following in tables: 
  Overview of reported (aggregated or case-based) data per country and time period by STI. 
Aggregate and case-based datasets need to be merged for the analyses.  
  Overview of country data sources per country by STI. 
 
Page 11 of 14 

STI Reporting Protocol 2019 
 
Annex 2 Subject-specific material 
  Overview of completeness (value versus unknown or not reported) per variable overall and by 
reporting country per STI.  
Preparing datasets for analyses 
  Case-based and aggregate datasets are merged for each STI.  
  Country population denominators used to calculate rates are based on data from the Eurostat 
database. Rates are not calculated for countries with sentinel surveillance systems unless the 
countries have provided ECDC with denominator data and coverage for the specific 
surveillance system.  
  Recode age into age class: <15, 15-19, 20-24, 25-34, 35-44, 45+; if data on age are 
unavailable or coded in the wrong age-class, the country will be excluded from the analysis;  
  Total numbers in tables include unknowns; total numbers in graphs exclude unknowns except 
where specified. 
  Country of birth, country of nationality and reporting country: these variables are explored by 
country/region and to be recoded after this exercise to describe the origin of the reported 
cases. Country of nationality is the most important variable, if not available the country of 
birth should be used instead. 
  Probable country of infection will be recoded into ‘acquired abroad’ and ‘acquired in home 
country’. 
  HIV status: tabulate HIV status including the unknowns; recode into HIV positive, HIV 
negative, HIV unknown/ NA.  
  Site of infection: tabulate site of infection per STI including the unknowns. 
Descriptive epidemiology 
The analyses will describe the occurrence of STI by time, place and population across countries and 
group countries and variables if possible.  
Overall numbers and rates 
• 
Present number of STI cases for the last 10 years, overall and by country.  
• 
Rates are calculated per 100 000 population for chlamydia, gonorrhoea and syphilis; 
rates for congenital syphilis are calculated per 100 000 live births. 
• 
Present STI rates for the last 10 years, overall and by country (only for countries with 
comprehensive surveillance systems or where an adjustment can be made).  
• 
Calculate the change in STI rates (and number of cases) over the previous five years and 
compared to the previous year. Other comparisons will be done based on the 
epidemiology of the infection. 
Gender 
• 
Present number of STI cases by gender for the last 10 years, overall and by country.  
• 
Present STI rates by gender for the last 10 years, overall and by country.  
• 
Calculate the increase by gender by STI over the last five years and compared to the 
previous year.  
• 
Gender distribution: male-to-female ratio by reporting country per STI for the report 
year; compare the trend in male-to-female ratio by STI. 
Age 
• 
Age distribution: present the age distribution by STI for the report year.  
• 
Age-specific rates: present age-specific rates for the report year and compare with age-
specific rates for the previous nine years. Describe trends in age-specific rates. 
Age-Gender 
• 
Present the age distribution by gender and by STI in the report year. Describe recent 
trends in age and gender specific rates. 
 
Page 12 of 14 

STI Reporting Protocol 2019 
 
Annex 2 Subject-specific material 
Transmission 
• 
Present proportion of cases reported in the report year by transmission category. 
Describe trends, changes in distribution over the last year, five years, ten years.  
• 
For men who have sex with men (MSM) (Transmission=MSM): trends in STI by year, for 
age groups ≤ and > 35 years of age; calculate rates based on number of men with MSM 
transmission with denominator being male population; explore grouping of countries; for 
case-based data only (possibly include aggregate dataset if ‘transmission’ is provided). 
• 
Transmission: present percentage of MSM by country per STI for the report year; 
compare with the trend in percentage MSM by STI over last five and ten years; (except 
for congenital syphilis). (Case-based data only; possibly include aggregate dataset if 
‘transmission’ is provided). 
Geographical information 
• 
Present the country of nationality (home country versus other) by country per STI in the 
report year; present the probable country of infection (as percentage acquired abroad) 
per STI in the report year.  
• 
For congenital syphilis: present the country of birth/nationality of mother by country 
(home country versus other). 
• 
Examine the completeness of subnational data – provide examples for countries where 
completeness is higher than 80%. 
HIV Status 
• 
Present the proportion of HIV positive by country per STI for the report year; present 
percentage HIV positive by gender and transmission category per STI over the last ten 
years. 
• 
Compare proportion of HIV positive cases with overall HIV rates taken from HIV report, 
by country.  
Sex work 
• 
Percentages of SW/CSW by country per STI by gender (and in total numbers) (except for 
chlamydia), if completeness allows. 
Site of infection 
• 
Proportion of cases by site of infection, by transmission category for chlamydia, 
gonorrhoea and primary syphilis for the report year. 
Clinical Service 
• 
Clinical service: present the distribution of clinical services in percentage by country per 
STI for the report year (except for congenital syphilis). Present by grouping similar 
services. Analyse any changes over time. 
Chlamydia – analysis by level of chlamydia control activities 
• 
Present overall rates of chlamydia by country grouped according to level of chlamydia 
control (as presented in “Chlamydia Control in Europe - A survey in the Member States 
2012”). 
• 
Analyse overall rates of gonorrhoea and syphilis by level of chlamydia control to identify 
any associations. 
Syphilis – infectiousness 
• 
Syphilis: present the percentage in infectious syphilis and by stage of infection for the 
report year and investigate any changes over last five and ten years. 
 
 
Page 13 of 14 

STI Reporting Protocol 2019 
 
Annex 2 Subject-specific material 
Depending on the interpretation of the above results more detailed analyses may be suggested 
regarding specific STI, risk group or countries. 
 
 
Page 14 of 14