Il a pour mission de contribuer à renforcer la protection de l'Europe contre les maladies infectieuses telles que la grippe, le SARS et le HIV/AIDS. Il dispose d'un personnel de base restreint mais d'un réseau étendu de partenaires dans toute l'UE et dans les États membres de l'AELE faisant partie de l'EEE. Le ECDC travaille en association avec les organismes nationaux de protection de la santé afin de mettre en place et de renforcer des systèmes de surveillance sanitaire et d'alerte précoce à l'échelle du continent. Grâce à cette collaboration, le ECDC centralise les connaissances au niveau européen dans le domaine de la santé de manière à élaborer des avis scientifiques autorisés sur les risques présentés par les maladies infectieuses nouvelles et émergentes.